حملت حركة شباب 6 أبريل، المجلس العسكري بصفته الحاكم الفعلي للبلاد خلال المرحلة الحالية ووزارة الداخلية المسئولية الكاملة، عن أي اعتداءات يتعرض لها نشطاء الحركة خلال الفترة المقبلة من قبل فلول النظام السابق. كما اتهمت الحركة في بيان لها السلطات، بالتجاهل المتعمد إزاء البلاغات التي قدمتها الحركة ضد ما تتعرض له من ممارسات وتشويه، وجاء في بيانهم " لم تحرك السلطات ساكناً لردع هذه الممارسات أو التحقيق بشأنها، وهذا التجاهل في التعامل مع البلاغات المقدَّمة من جانبنا نعتبره "مُتَعمَّد"، من الجهات المسئولة وبخاصةً المجلس العسكري ووزارة الداخلية بصفتيهما المسئول الأول والأخير عن حماية المواطنين والحفاظ على أرواحهم، وليس فقط حماية المنشآت". ورصد البيان عددا من هذه الممارسات التي وصفها بالمنظمة في محافظات الجمهورية المختلفة، على النحو التالي:في محافظة المنيا: - تهديد بالقتل من شخص يدعى أحمد بدوى عبر "الإيميل" الخاص بالحركة في المنيا، وقد تقدم منسق الحركة بالمنيا ببلاغ رقم 2749 إدارة ملوي على إثر هذا الحادث. - اختطاف أحد أعضاء الحركة بالمنيا في 18 يوليو الماضي على يد ثلاثة أشخاص مجهولين وإطلاق سراحه في اليوم التالي، بعد إحداث إصابات في يده بمادة كاوية، وقد تقدم أعضاء الحركة ببلاغ بالواقعة ولم تكشف التحقيقات عن الفاعل حتى الآن. وفى كفر الزيات: - التعدي على أعضاء الحركة بكفر الزيات بالضرب والسباب والتهديد بآلة حادة والتوعد بالقتل رمياً بالرصاص من أحد فلول الحزب الوطني على مرأى ومسمع من الجميع. وفى المنصورة: - التعدي على أعضاء الحركة بالمنصورة ومحاولة دهس أحدهم بالسيارة على يد بلطجية مجهولين، وقد تقدم أعضاء الحركة ببلاغ للنائب العام بعد أن منعهم البلطجية من دخول قسم الشرطة. وفى السويس: - تم تهديد منسق الحركة بالسويس بالقتل إذا تم وضع أسمائهم داخل الدوائر السوداء.