انتقد الدكتور يحيى إسماعيل، أمين جبهة علماء الأزهر، خطاب قائد الانقلاب العسكرى عبد الفتاح السيسي بشأن الثورة الدينية على النصوص والمفاهيم الخطأ التي ترسخت في أذهان الأمة الإسلامية، بالإضافة إلى انتقاده رد فعل العلماء الحاضرين، قائلا: "تعساً لكم يا من صفقتم للسيسي". ووصف إسماعيل، فى تصريحات صحفية، خطاب قائد الانقلاب بالمؤلم فى صياغته وسياقه ومكانه وزمانه، موضحا أنه ضاق صدره عندما سمع هذا الكلام، لأنه حمل متناقضات كثيرة كان يجب ألا نسمعها، وكان يجب على علماء الأزهر الحاضرين أن يردوا على هذا الكلام، بدلا من التصفيق. وأوضح أن هذه العبارات التى رددها السيسي توحي بأن الإسلام بأصوله الفكرية غير مرضي عنه من المؤسسة الحاكمة في مصر، كما يعد إهانة للأزهر الذي حمل لواء نشر الدين الإسلامي منذ إنشائه، فلم يكن هناك إخوان أو سلفيون، ما يعني أننا أصاحب انتشار الأفكار المتطرفة، مؤكداً أن الدين قبل النظام ولا قيمة لنظام إذا جاء على غير أساس من دين، الإسلام دين تفكر وتدبر.