أكد الجهاز المركزي للمحاسبات أن السبب وراء سلسلة الحملات "المغرضة" التي يتعرض لها الجهاز وقياداته جاءت بعد كشفه العديد من وقائع الفساد، وإهدار المال العام المبلغ تقاريرها إلى جهات الاختصاص المنصوص عليها بالقانون، وكذلك جهات التحقيق المختلفة . وقال بيان صادر عن الجهاز اليوم الخميس أن هذه الحملات تهدف إلى عرقلة دوره في مكافحة الفساد، والتأثير سلبًا على مسيرة تقدم الوطن، والتي يرغب البعض في إيقافها بشتى الطرق من خلال إثارة وتضليل الرأي العام. ونفى الجهاز ما نشرته بعض وسائل الإعلام عن تسريب تقرير الصناديق الخاصة بوزارة الداخلية مؤكدا أن هذا غير صحيح. وأوضح البيان أن التقرير المتعلق بالصناديق الخاصة بوزارة الداخلية إنما هو في الأصل شكوى تم تقديمها لجهاز الكسب غير المشروع تحمل رقم 180 لسنة 2010 كسب غير مشروع، بتاريخ 5 يوليو 2012، أي قبل تولي المستشار هشام جنينة رئاسة الجهاز، وليس بتكليف من الرئيس محمد مرسي، فقام جهاز الكسب غير المشروع بطلب أعضاء في الجهاز المركزي للمحاسبات للاستعانة بهم في فحص الشكوى. وأشار الى أنه بتاريخ 11/3/2013، و 21/11/2013 قدمت اللجنة المذكورة تقريرها مباشرة لرئيس محكمة الاستئناف (قاضي التحقيق المنتدب من وزارة العدل لمباشرة التحقيق في الموضوع المشار إليه)، وليس للجهاز أي علاقة بالتقارير، وهو النهج المتبع في مثل أعمال اللجان المكثفة، من جهات التحقيق المختلفة، والتي تقدم تقاريرها مباشرة إليها دون الرجوع للجهاز. ونفى البيان ما نسب إلى المستشار هشام جنينة رئيس الجهاز من القول بأن وقوع مسئولية تسريب التقرير على عاتق السيد المستشار قاضي التحقيق وحده دون غيره. وأكد أن الجهاز يحرص كأحد الأجهزة الرقابية كل الحرص على مكانة كل مؤسسات الدولة واحترام القائمين عليها، ولا يتصور قيامه بالتعاون مع أي جهة أجنبية تهدف إلى التشهير بتلك المؤسسات أو التعرض لها