نعت أسرة الرئيس "محمد مرسي" العالم الجليل الدكتور محمد عمارة، الذي تم تشييع جثمانه اليوم، واصفين إياه ب"صاحب الفكر المستنير والمواقف العظيمة". وكتب أحمد محمد مرسي، نجل الرئيس مرسي، عبر حسابه على فيسبوك: "بقلوب راضية بقضاء الله.. ننعى للأمة العربية والإسلامية العالم الجليل والمفكر الإسلامي القدير الدكتور محمد عمارة صاحب الفكر المستنير والمواقف العظيمة، ونعزى أنفسنا والأمة في مصابها، ونسأل الله له الرحمة ولأسرته الصبر والسوان، وإنا لله وإنا إليه راجعون". فيما كتبت الشيماء محمد مرسي: "رحم الله الدكتور محمد عمارة، وجزاه الله عن علمه وعطائه خيرا، وعظّم أجر الأمة فيه، وأخلفها وأهله خيرًا فى هذا المصاب.. ولمن أراد أن يَرِد نهرًا من الثراء الفكري هنا مغتسل باردٌ وشراب".
ونعى الأزهر الشريف الدكتور عمارة، وكتب عبر حسابه على تويتر: "بمزيد من الرضا بقضاء الله وقدره، يحتسب الأزهر الشريف عند الله تعالى، العالم الجليل والمفكر الإسلامي الكبير فضيلة الأستاذ الدكتور محمد عمارة، عضو هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف، والذي وافته المنية مساء الجمعة عن عمر ناهز 89 عامًا". وكتب د.أحمد عيسى المعصراوي: "إنا لله وإنا إليه راجعون.. خالص العزاء فى وفاة المفكر الأستاذ الدكتور محمد عمارة، عضو هيئة كبار العلماء، رحمه الله رحمة واسعة وجعل ما قدمه من علم في ميزان حسناته". وكتب الدكتور محمد محسوب: "إنا لله وإنا إليه راجعون.. رحل إلى ربه محمولا على أكفّ الرحمة العالم والمفكر والمبدع الأستاذ الدكتور محمد عمارة، عضو هيئة كبار العلماء، تاركًا خلفه تراثا علميًا فريدًا وتأثيرًا فكريًّا عميقًا ومواقف سياسية تليق بعلماء لا ترهبهم سلطة ولا يغريهم ذهبها. عزائي لأسرته ومحبيه في مصر والعالم". وكتب القيادي في حركة المقاومة الإسلامية حماس د. موسى أبو مرزوق، عبر حسابه على تويتر: "غياب العلماء ليس كأي غياب، أولئك الذين نفتقدهم في الملمات، شجاعة، وجرأة، وعلما، وثباتا على الحق. رحم الله المفكر والأستاذ الدكتور محمد عمارة وتغمده المولى بواسع رحمته، وأدخله فسيح جناته. فما جمعني وإياه في مجلس إلا كنتُ منصتا ومتعلما، اللهم عوضنا في فقده خيرا". من جانبه نعى المجلس الثوري المصري، الدكتور محمد عمارة، وقال في بيان له: "ببالغ الأسى ينعي المجلس الثوري المصري المفكر الكبير الإسلامي د.محمد عمارة.. لقد كان العالم الجليل مدافعًا عن الحق طوال عمره متمسكا بالمبادئ ومدافعا عنها دون أن يخشى في الله لومة لائم، وجدناه مدافعا عن صحيح الدين ضد كل شائبة صادحا صوته بكلمة الحق، ورافعًا راية الحرية والديمقراطية في وجه كل حاكم متجبر أو ظالم. والله نسأل أن يغفر له ويتغمده بواسع مغفرته ورحمته"، مضيفا: "يتقدم المجلس بخالص العزاء لأسرته ولكل الشعب المصري في وفاة أحد كبار أعلام الفكر الإسلامي المعاصر.