تتعرض مصر لمخاطر جسيمة جراء العمليات الإرهابية، مما يحتم على أبناء الوطن إدراك خطورة المرحلة، والمشاركة بإيجابية فى بناء الوطن والمحافظة عليه، حيث يتم ملاحقة شبكات إرهابية، تعمل على التحريض والتمويل والإمداد لتنفيذ عمليات إرهابية داخل مصر، حتى أصبحت المنظمات الإرهابية عابرة للقومية، بل ومدعومة من أجهزة مخابرات ودول، الأمر الذى يتطلب تطوير قانون العقوبات، وإدخال كل عناصر الجريمة الإرهابية، فى مجال التجريم حتى يمكن محاصرة هذه الظاهرة، التى تهدد حقوق الإنسان بكل مستوياته، إلا أن التشريع ينبغى أن يكون منضبطاً وفقاً للدستور، ووفقاً للمواثيق الدولية بشأن معيارى شرعية الجرائم، والعقوبات والشرعية الإجرائية وبما يضمن ألا يدان برىء بموجب هذا القانون، ونلاحظ أن قانون مكافحة الإرهاب الجديد فى ضوء المادة 237 من الدستور التى تلزم الدولة بمكافحة الإرهاب، مع ضمان الحقوق والحريات.
وقد تضمن القانون العديد من أوجه العوار الدستورى، فالفقرة الثانية من المادة السادسة والتى تضمنت مطعناً دستورياً حيث لا يجوز بأى حال من الأحوال معاقبة متهم على جريمة لم تقع وقد سبق للمحكمة الدستورية العليا أن قضت بعدم دستورية مواد مشابهة لهذه المادة، وكذا المادة 35 والتى أعطت للمحكمة حق وقف الصحفى عن العمل هو تعدٍ صارخ على قانون نقابة الصحفيين، وهو قانون خاص يجب أى قانون آخر، كما أنه لا يجوز تجريم نشر المعلومات الخاطئة طالما أن الدولة لم تبادر بإصدار قانون ينظم حرية تداول المعلومات، كما أن الغرامة المالية كبيرة جداً وسيعجز الكثير منهم عن سدادها وهو ما قد يفضى فى النهاية إلى حبسهم، والمادة 29 حيث جاءت هذه المادة فضفاضة وقد تستخدم ضد أى شخص ينتقد الحكومة فى الفضاء الإلكترونى فالمادة بها خطورة بالغة على حرية الرأى والتعبير، لأنها جاءت بعبارات عامة وفضفاضة وغير منضبطة، ويمكن إساءة استخدامها ضد أصحاب الرأى والمقالات دون ارتكابهم أعمالاً إرهابية بصورة مباشرة، ويدخل فى إطار محاكمات الرأى، وكان يتعين ضبط الصياغة منعاً للتعسف حيال الرأى المعارض.
كما تضمن القانون العديد من القيود، ومنها المادة 37 والتى نصت على قيود غير مباشرة يمكن أن تشمل الصحفيين أيضاً حال إدانتهم، ومن ذلك حظر الإقامة فى مكان معين أو فى منطقة محددة، والإلزام بالإقامة فى مكان معين، وحظر الاقتراب أو التردد على أماكن أو محال معينة، والإلزام بالوجود فى أماكن معينة فى أوقات معينة، وحظر العمل فى أماكن معينة أو مجال أنشطة محددة، وحظر استخدام وسائل اتصال معينة أو المنع من حيازتها أو إحرازها. ومما يعنى أن المادة 37 من القانون تخالف مبدأ العلانية فى المحاكمات.
وبالنظر فى الباب الثانى: الأحكام الإجرائية نجد أنه وردت عبارات مطاطة فنجد كلمة «سلطة التحقيق» الواردة فى المواد عبارة مبهمة أتت بعد النيابة العامة ومن المقرر قانوناً أن سلطة التحقيق مخولة للنيابة العامة ولقاضى التحقيق فقط ولذلك كان من المتعين استبدال عبارة سلطة التحقيق بقاضى التحقيق طالما وردت مع النيابة العامة، لتكون الاختصاصات مخولة حصراً للنيابة العامة وقاضى التحقيق. كما تجيز المادة 53 من القانون لرئيس الجمهورية متى قام خطر من أخطار الجرائم الإرهابية أو ترتبت عليه كوارث بيئية، أن يصدر قراراً باتخاذ التدابير المناسبة للمحافظة على الأمن والنظام العام، بما فى ذلك إخلاء بعض المناطق أو عزلها أو حظر التجول فيها، على أن يتضمن القرار تحديد المنطقة المطبق عليها لمدة لا تجاوز 6 أشهر، وهذه المادة غير دستورية، لأنها خالفت نص المادة 154 من الدستور التى تمدد حالات فرض الطوارئ والتدابير التى يجوز اتخاذها وفقاً لقانون الطوارئ.
لقد ميز القانون بين ضحايا الإرهاب، حيث تمتد وثيقة التأمين للجنود والضباط، بينما لا يحصل ضحايا الإرهاب من المدنيين على تعويض مماثل.