أحالت النيابة العامة الرئيس المعزول محمد مرسى وعدداً من قيادات مكتب الإرشاد وجماعة الإخوان ومسئولى مؤسسة الرئاسة فى عهد مرسى ومسئولى التنظيم الدولى للإخوان، ومنهم: «صلاح عبدالمقصود، وزير الإعلام، وعصام الحداد، مستشار «مرسى» للعلاقات الخارجية، وجهاد الحداد، وحسن الشاطر، نجل خيرت الشاطر، وحسين القزاز، وإبراهيم الزيات، وعماد الدين شاهين، وأيمن على، وحازم فاروق، ومحيى حامد» لمحكمة الجنايات بتهمة التخابر مع منظمات أجنبية خارج البلاد لارتكاب أعمال إرهابية داخل البلاد وإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لدولة أجنبية ومن يعملون لمصلحتها وتمويل الإرهاب والتدريب العسكرى لتحقيق أغراض التنظيم الدولى للإخوان، وارتكاب أفعال تؤدى إلى المساس باستقلال البلاد، ووحدتها وسلامة أراضيها. وشمل قرار الإحالة لمحكمة الجنايات فى القضية، والذى أعده المستشار تامر الفرجانى، المحامى العام الأول لنيابات أمن الدولة العليا والمستشار خالد ضياء الدين، المحامى العام بالنيابة كلاً من الرئيس السابق محمد مرسى بوصفه عضو مكتب إرشاد جماعة الإخوان ورئيس الجمهورية السابق ونائبيه خيرت الشاطر ومحمود عزت وسعد الكتاتنى، رئيس حزب الحرية والعدالة، رئيس مجلس الشعب السابق ومحمد البلتاجى وعصام العريان وسعد الحسينى، أعضاء مكتب الإرشاد ورفاعة الطهطاوى، رئيس ديوان رئيس الجمهورية السابق ونائبه أسعد شيخة وأحمد عبدالعاطى، مدير مكتب رئيس الجمهورية السابق وعضو التنظيم الدولى للإخوان، و25 متهماً آخر من قيادات الجماعة وأعضاء التنظيم الدولى للإخوان. وكشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة أن التنظيم الدولى للإخوان قام بتنفيذ أعمال عنف إرهابية داخل مصر لإشاعة الفوضى العارمة بها وأعد مخططاً إرهابياً كان من بين بنوده تحالف قيادات جماعة الإخوان بمصر مع بعض المنظمات الأجنبية وهى حركة المقاومة الإسلامية، حماس، الذراع العسكرية للتنظيم الدولى للإخوان، وحزب الله اللبنانى وثيق الصلة بالحرس الثورى الإيرانى وتنظيمات أخرى داخل وخارج البلاد تعتنق الأفكار التكفيرية المتطرفة وتهريب السلاح من جهة الحدود الغربية عبر الدروب الصحراوية وتدبير وسائل تسلل عناصر من جماعة الإخوان إلى قطاع غزة عبر الأنفاق السرية بمساعدة عناصر من حركة حماس لتلقى التدريب العسكرى وفنون القتال واستخدام السلاح على يد عناصر من حزب الله اللبنانى والحرس الثورى الإيرانى، ثم إعادة تلك العناصر بالإضافة لآخرين ينتمون لتلك التنظيمات إلى داخل البلاد، واتحدوا مع عناصر أخرى تابعة للجماعات التكفيرية الموجودة بسيناء لتنفيذ ما تم التدريب عليه وتأهيل عناصر أخرى من الجماعة إعلامياً بتلقى دورات خارج البلاد فى كيفية إطلاق الشائعات وتوجيه الرأى العام لخدمة أغراض التنظيم الدولى للإخوان وفتح قنوات اتصال مع الغرب عن طريق قطر وتركيا فضلاً عن دعم التنظيم الدولى وبعض البلاد الأجنبية لقيادات جماعة الإخوان بمصر بتحويل الأموال اللازمة لتنفيذ المخطط الإجرامى وخلق الفوضى بالبلاد. وأضافت التحقيقات أنه قد بدأ تنفيذ ذلك المخطط منذ عام 2005 واستكملت حلقاته إبان ثورة يناير 2011 باستغلال الأحداث الجارية بالبلاد، إذ تم الاعتداء بالأسلحة النارية على قوات الأمن والمواطنين فى أنحاء متفرقة إمعاناً فى تكريس حالة الفوضى والإضرار بالأمن القومى المصرى ورصد المنشآت الأمنية بشمال سيناء تمهيداً لفرض السيطرة عليها وإعلانها إمارة إسلامية فى حالة عدم فوز المتهم محمد مرسى العياط بالانتخابات الرئاسية. وأضافت التحقيقات أنه ثبت من التحقيقات أن المتهمين عصام الحداد، وأحمد عبدالعاطى، ورفاعة الطهطاوى، وأسعد شيخة، ومحيى حامد خلال فترة عملهم بمؤسسة الرئاسة فى عهد مرسى قاموا بإفشاء العديد من التقارير السرية المخصصة للعرض على رئيس الجمهورية بتسريبها إلى قيادات التنظيم الدولى للإخوان بالخارج وقيادات الحرس الثورى الإيرانى وحركة حماس وحزب الله اللبنانى كمكافأة على تنفيذ تلك العمليات الإرهابية وما قدمته تلك التنظيمات من مساعدات لصالح جماعة الإخوان بمصر حتى تولت مقاليد السلطة وأن عدداً من تلك التقارير السرية تم تسريبها عبر البريد الإلكترونى الخاص برئاسة الجمهورية وبعلم المتهم محمد مرسى، رئيس الجمهورية السابق، مما ترتب عليه الإضرار بالأمن القومى. وأوضحت التحقيقات أنه فى أعقاب عزل المتهم محمد مرسى من رئاسة الجمهورية وتغير المشهد السياسى مارست جماعة الإخوان وتلك العناصر الإرهابية تنفيذ تفجيرات واعتداءات ضد القوات المسلحة والشرطة بهدف إرهاب الشعب المصرى وإثارة الفوضى والنيل من استقلال البلاد وسلامة أراضيها ووحدة المواطنين وإشعال الفتنة الطائفية بينهم، فى سبيل إشعال الحرب الأهلية بمصر، قاصدين من ذلك عودة الرئيس المعزول وإعادة قبضة جماعة الإخوان على البلاد. وذكرت التحقيقات أنه قامت النيابة العامة باستجواب المتهمين فى تلك الاتهامات ومواجهتهم بالأدلة عليها وأمرت النيابة بإحالة القضية إلى محكمة جنايات القاهرة مع استمرار حبس 19 متهماً احتياطياً على ذمة التحقيقات وضبط وإحضار 27 متهماً آخر هارباً، وحبسهم احتياطياً على ذمة القضية.