تسبب غياب الرئيس محمد مرسى عن الجنازة الشعبية والرسمية لشهداء الحدود فى سخط بالغ بين أسر الشهداء وقوى ورموز سياسية مختلفة الذين وصفوا غياب الرئيس بأنه إهانة للشهداء، بينما رفع المصلون بمسجد آل رشدان من أهالى الشهداء الأحذية فى وجه الدكتور هشام قنديل رئيس الوزراء فور خروجه من المسجد تعبيرا عن غضبهم، وهتفت الجماهير ضد الرئيس وجماعة الإخوان المسلمين. وقال الدكتور ياسر على، المتحدث الرسمى باسم رئاسة الجمهورية، إن الدكتور مرسى، كان يتمنى حضور الجنازة لكن التدابير الأمنية حالت دون ذلك، وأوضح فى مؤتمر صحفى أنه كانت هناك حشود شعبية هائلة حضرت الجنازة فقال الدكتور مرسى: «إنها مصيبة لكل مصرى وأنا أولهم، ولا أريد أن تتسبب الحشود الأمنية فى إفساد الجنازة» فأناب الرئيس مرسى المشير حسين طنطاوى لحضور المراسم. وأثار غياب الرئيس عن الجنازة لدواعٍ أمنية، موجة تعليقات ساخرة على مواقع التواصل الاجتماعى، كان أكثرها سخونة، مقارنة بين غيابه، ومشهده وهو يفتح قميصه فى ميدان التحرير، وإعلانه أنه لا يخاف أحدا ولا يرتدى قميصا واقيا للرصاص، وقال أحد التعليقات إنه كان أهون علينا أن يحضر الرئيس بقميص واقٍ بدلا من غيابه. وقال مصطفى بكرى، عضو مجلس الشعب السابق، إن الرئيس مرسى لم يحضر إلى الجنازة لاعتبارات خاصة بالأمن الشخصى له؛ لأن أغلب أهالى الشهداء سيرفضون وجوده بسبب انتمائه للإخوان، وقال رفعت السعيد، رئيس حزب التجمع: «من واجبات الدكتور مرسى، أن يشارك فى جنازة الشهداء»، وقالت مارجريت عازر، النائبة الوفدية السابقة: «كان أقل واجب أن يكون الرئيس فى مقدمة المعزين»، وشن أحمد بهاء شعبان، القيادى بالجمعية الوطنية للتغيير، هجوما على الرئيس، قائلا: «عدم حضوره إهانة للشهداء، فمن غير اللائق أن يغيب عن أول جنازة لشهداء للجيش فى عهده». من جانبه، قال الدكتور جمال حشمت، عضو الهيئة العليا لحزب الحرية والعدالة، إن غياب الرئيس عن الجنازة العسكرية أمر «يتعلق بمؤسسة الرئاسة فقط وليس للحزب أى علاقة به».
