بعد إتفاق أعضاء التأسيسية بصورة شبة نهائية على أن بقاء المادة الثانية من الدستور والخاصة بالشريعة الإسلامية مع جعل المرجعية النهائية لتفسير تلك المبادئ هي الازهر الشريف بدأت بعض الأصوات تعلو برفض تلك المرجعية على إعتبار أنها ستجعل الأزهر مؤسسة فوق الدولة وتدخلها في الشأن السياسي وتبعدها عن مهمتها الأساسية فأين الصواب من كل تلك الأراء؟ الدكتور عبد الله النجار عضو مجمع البحوث الإسلامية يؤكد أن جعل الأزهر هو المرجعية يبعد التيارات المتشددة عن تفسير القوانين وهذا بالطبع أمر طبيعي فمن نأتمن أن يفسر مفهم مبادئ الشريعة غير الأزهر وفي رده على إمكانية تغيير قوانين بناءًا على هذا التغير في الدستور يؤكد أنه بالفعل سيتم تغير العديد من القوانين التي لا تتوافق مع تلك المبادئ وأوضح النجار أن مجمع البحوث الإسلامية هو الجهة المنوط بها القيام بتلك المهمة . كمال زاخر المفكر القبطي يرى أن هذا الإقتراح بوضع الأزهر كمرجعية في الدستور الجديد سوف يمثل إعتداء على سلطة المحكمة الدستورية وصلاحياتها لأنه حق أصيل للمحكمة الدستورية وسوف يؤدي إلى تداخل بين أختصاصات المؤسسات. ويؤدى إلى التضارب، وأشار إلى أن جعل الأزهر مرجعية دينية يعتبر تمهيد للسطو السلفي على الأزهر وتحويله لمؤسسة سلفية والدخول إلى مؤسسة الأزهر من الشباك، وفي هذه الحالة سوف تتحول الولاية في مصر لولاية الفقيه كما الوضع فى إيران. فيما رفض جمال أسعد المفكر القبطي وضع الأزهر كمرجعية في الدستور الجديد خاصة مع وصول التيارات الإسلامية للحكم في مصر وإستيلائهم على المؤسسات بشكل كلي وظهر ذلك في سيطرتهم على جميع البحوث الإسلامية وعدد من المناصب داخل الأزهر فهم يسعون إلى التسلل لكافة مناصب الشريعة الإسلامية. ومن جهته يؤكد عبدالستار المليجي القيادي الإخواني السابق على ضرورة وضع هذه المادة في الدستور المصري لأنه سوف يقصر أمر التحدث في الدين على أهل الدين ورجاله في وقت أصبح كل من هب ودب يتحدث في أمور الدين فنحن في حاجة إلى تنظيم الإختصاصات. وأضاف أن الأزهر هو المرجعية الأولى للمسلمين في مصر وكل العالم الإسلامي فلا يجب أن تكون هناك جماعات دينية تحدد مصائر الناس وسلب حياتهم فيجب في حالة الخلاف والنزاع العودة للأزهر كمرجعية إسلامية أولى. ويرى "المليجي" أن وضع الأزهر بهذه الصورة لن يؤدي إلى أي تدخل في السلطات كما يشاع لأن الأزهر في الأساس يعتبر سلطة فوق كل سلطات الدولة في الشئون الدينية للدولة بالتدريج. ومن جهتها ترى أمنه نصير استاذ العقيدة الإسلامية أن وضع الأزهر في الدستور القادم أمر لا يثير أي أزمات وأن كل ما يثار الأن هو حجج واهية لكي يظهر كل طرف في دور المدافع عن الإسلام ورافع راية الإسلام والحقيقة أن الإسلام ليس في حاجة لهم، وترى أن يتم وضع مادة تنص على أن المبادئ الأساسية للتشريع هي مبادئ الشريعة الإسلامية وفي حالة إثارة أي نزاع أو أزمات يتم الرجوع إلى الأزهر الشريف المرجعية الدينية الأولى في مصر والعالم الإسلامي. وفىي سياق أخر أكد د. ثروت عبدالعال الفقية الدستوري أن وضع مادة كهذه في الدستور هو أمر مخالف لمبدأ المواطنة والتي ينص عليه الدستور المصري في صلب مواده الأساسية ومن شأنه تحويل مصر إلى دولة دينية ووضع مادة كهذه يعتبر تزيد فى التدين وهو أمر لا تتطلبه. من جانبه أيد النائب بمجلس الشعب المنحل عن الحرية والعدالة محمد إبراهيم وضع تلك المادة لإنها ترضى جميع الأطراف سواء الليبرالية أو الإسلامية وتعطي طمأنينة لكل فئات المجتمع حتى الإخوة الأقباط الذين يثقون في الأزهر مثل المسلمين تمامًا .