يحتدم الجدل داخل الجمعية التأسيسية لصياغة الدستور حول "المادة الثانية "من الدستور، الخاصة بالشريعة الإسلامية، والتي صيغت في دستور 1971على النحو التالي "مبادئ الشريعة الإسلامية المصدر الرئيسي للتشريع"، ويريد السلفيون تعديلها في دستور الجمهورية الثانية إلى "أحكام " أو "الشريعة الإسلامية المصدر الرئيسي للتشريع". بين "مبادئ وأحكام الشريعة"، تصاعدت ألسنة الخلاف داخل الجمعية التأسيسية، ممثلو الكنائس رفضوا مايرنو إليه السلفيون، متمسكين ب"وثيقة الأزهر الشريف "كمرجعية للدستور الجديد الذي يضمن لهم - حسبما يعتقدون – عيشا مطمئنا في ظل صعود لافت للتيار الإسلامي على الساحة السياسية. وعقد المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية اجتماعا ناقش خلاله ما يجري داخل "التأسيسية"، ثم أصدر بيانا يتضمن دعوته إلى الإبقاء على الصياغة الحالية للمادة الثانية من الدستور، دون إضافات إلا من ناحية حق غير المسلمين في الاحتكام إلى شرائعهم. هددت الكنيسة بالانسحاب من "التأسيسية" عبر عبارة واضحة تضمنها البيان جاء فيها أن المجمع المقدس يدرس جدوى الاستمرار في الجمعية التأسيسية لصياغة الدستور في ظل هذه الأوضاع. والسلفيون على الجانب الآخر عقدوا اجتماعا مع فضيلة الإمام الأكبر استمر مايقرب من 3ساعات، انتهى إلى التأكيد على مرجعية الأزهر الشريف بالنسبة للإسلاميين، لينتظر الجميع موقف الأزهر الحاسم لدرء خلاف مستمر كامن تحت سطح المناقشات داخل الجمعية التأسيسية حول صياغة اللجنة قادر على الإطاحة ب"التأسيسية" في حال انسحاب المعارضين للصياغة الجديدة. تباينت رؤى الدوائر القبطية، إزاء تضمين الدستور الجديد في مادته الثانية مصطلح "أحكام"، أو الإبقاء على المادة الثانية كماهي "مبادئ الشريعة هي المصدر الرئيسي للتشريع"، بينما تم الاتفاق على أن المخرج الحقيقي هو النص على مدنية الدولة بما يمكن معه تطمين كافة الأطراف. وفسر المفكر السياسي جمال أسعد، عضو مجلس الشعب السابق، الخلاف الناجم حاليا داخل التأسيسية حول مادة الشريعة الإسلامية بأنه الخلاف متوقع، يكشف تمايز القوى داخل التأسيسية، ومدى استعراض القوى عبر "لي الذراع "، والتهديد باللجوء إلى الشارع، لافتا إلى أنه في الوقت الذي يلوح فيه السلفيون بالاتفاق مع الإخوان على تضمين "الأحكام" في صياغة المادة الثانية، فإن الإخوان يريدون الاصطفاف مع القوى الوطنية نظرا للمأزق الشديد الذي تواجهه الجماعة الآن في أعقاب صعودها إلى الحكم. وأشار أسعد إلى أن الأزهر وعد السلفيين ب"عدم " النص صراحة على مدنية الدولة في الدستور، مقابل موافقتهم على بقاء الصياغة كماهي . واستطرد قائلا "المعركة الرئيسية بعد ثورة يناير هي الدستور"، لافتا إلى أن هناك ترتيبات بين المجلس العسكري، وبين الإخوان على صياغة الدستور، جاء ذلك في الدستور المكمل الذي يمنح المجلس العسكري حق الاعتراض على التأسيسية ومدى إمكانية وضع خاص للجيش في الدستور. وأوضح أنه سيكون اتفاق على مبادئ الشريعة، أو انسحاب ممثلي الكنائس مما يضع الجمعية التأسيسية في وضع حرج أمام المجتمع ، مؤكداعلى أن المخرج هو الإبقاء على النص الحالي والاتفاق على مدنية الدولة ، أو ذهاب الدستور إلى التيار الإسلامي ، الذي سيفسره السلفيون وفقا لمعتقداتهم. وألمح إلى أن موقف الإخوان المسلمين سيكون مراوغا ، لحين صدور الحكم بشأن البرلمان ، فإذا كان بالعودة سيستقوي الإخوان بالأغلبية البرلمانية، أو الاصطفاف مع القوى السياسية في حال تأكيد حكم حل البرلمان. على الصعيد ذاته، قال د.القس صفوت الببياضي رئيس الطائفة الإنجيلية، إن ممثلى الكنائس ب"التأسيسية"، والكنائس بشكل عام ليس لديها اعتراض على المادة الثانية من الدستور بشكلها الحالي الذي يؤكد على أن مبادئ الشريعة الإسلامية هي المصدر الرئيسي للتشريع، لافتا إلى أن تلك المبادئ تضمنتها وثيقة الأزهر التي نتمسك بها كوثيقة استرشادية في "صياغة" الدستور الجديد للبلاد. وأكد د.إيهاب رمزي عضو مجلس الشعب السابق أن هذا الخلاف الحالي حول مادة "الشريعة الإسلامية " أمر متوقع إزاء تحوف كبير قائم بين التيارات المدنية، والتيارات الإسلامية من ناحية تطبيق الشريعة الإسلامية. وأضاف رمزي مصر الآن غير مهيأة لتطبيق الشريعة الإسلامية، لافتا إلى أن استمرار الخلاف داخل التأسيسية سينتهي إلى انسحاب الكنيسة، والتيارات المدنية وقد تحل الجمعية التأسيسية. واستطرد قائلا "المخرج الآن هو تكاتف الكنيسة والأزهر والجيش ضد الراغبين في فرض أحكام الشريعة الإسلامية على الدستور القادم"، مشيرا إلى أن مصطلح "أحكام" سيفتح باب الخلاف الفقهي تجاه تفسير الأحكام، وأي مذهب سيطبق هل هو الأزهر، أم الإخوان، أم المذاهب الأربعة. وألمح النائب السابق بالبرلمان إلى أنه في هذا الزمن الذي تشترى فيه الضمائر المجتمع غير مؤهل للشريعة، والباب مفتوح أمام تقسيم مصر إزاء الإصرار على فرض تطبيق الشريعة حاليا. من جانبه، قال رمسيس النجار المستشار القانوني للكنيسة أن اللجنة أرادت أن تصطدم قبل أن تتفق ،كان عليها أن تبدأ بمواد الحريات، والنظام الرئاسي ،أما المادة الثانية كان يجب تأجيل النقاش فيها، قبل تصعيد الخلاف الذي سوف يستمر ويتفاقم. وأضاف أن مصر المدنية وفقا لما جاء في تصريحات الرئيس المنتخب محمد مرسي، فيجب أن ينص في دستورها على أن الأديان السماوية مرجعية ومحل احترام، ولا يميز دينا على آخر ،وتساءل "إذا أصروا على أحكام الشريعة الإسلامية فما حكم الأقليات الدينية في مصر؟" وأشار النجار إلى أنه من الصعب الحديث عن أحكام الشريعة الإسلامية، لافتا إلى أن المبادئ مبادئ غراء تصلح لكل عصر، بينما الأحكام التي كانت تطبق في وقت لم يكن فيه سجون، ونتمنى أن تطبق المبادئ وفقا لمرجعية الأزهر. واستطرد قائلا "إن الكنيسة ستعقد اجتماعا قريبا يضم كبار الأساقفة، والمستشارين القانونيين لمناقشة الموقف النهائي من تأسيسية الدستور إذا استمر الخلاف حول صياغة المادة الثانية من الدستور".