ا أسس المتحف القبطي مرقص سميكة (باشا)عام1910 ليساعد على دراسة تاريخ المسيحية في مصر . وهو عبارة عن حجرتين في الكنيسة المعلقة .وقأنشئ الجناح القديم في هذه المنطقة نظرا لأن منطقة مصر القديمة لها مكانة كبيرة,ففيها بنيت الكنيسة المعلقة التي سميت بهذا الاسم نظرا لأنها معلقة علي أحد برجي حصن بابليون,وإن كان اسمها الحقيقي هو السيدة العذراء والسيدة دميانة, و في عام عام1947 أنشئ الجناح الجديد,كما أن الجناح القديم في حد ذاته تحفة فنية نظرا لوجود الأسقف الخشبية المتميزة, وهو ما تم ترميمه الآن يقع المتحف القبطي داخل أسوار حصن بابليون الشهير الذي يعتبر من اشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية في مصر ،وقد بني هذا الحصن للحماية العسكرية الرومانية ليكون خط الدفاع الأول لبوابة مصر الشرقية ، وقد اختير هذا الموقع لأنه يتوسط مصر بين الوجه البحري والوجه القبلي .وتبلغ مساحة المتحف الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالي 8000 م، وقد تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة وتم افتتاحه بعد ذلك عام 1998. ويبلغ عدد المقتنيات بالمتحف القبطي حوالي 16000مقتنى، وقد رتبت مقتنيات المتحف تبعا لنوعياتها إلى اثني عشر قسما ، عرضت عرضا علميا روعي فيه الترتيب الزمني قدر الإمكان. وقد ظل المتحف القبطي تابعاً للبطريركية القبطية حتى عام 1931 ثم اصبح تابعاً لوزارة الثقافة. المتحف يتسم بطابع الفن القبطي الممزوج بالتقاليد المصرية القديمة والهلينسية والبيزنطية والإسلامية ويجمع المتحف منذ إنشائه عام 1908بين المادة الأثرية اللازمة والوثائق التي تساعد في دراسة تاريخ مصر منذ بدايات ظهور المسيحية وحتى الآن وكشف الستار عن تاريخ هذا العصر في وادي النيل .وكان منشئ القصر مرقص باشا سميكة متحمسا للآثار القبطية لدرجة مكنته بمجهوده الشخصي من إنجاز هذا العمل الكبير وكان يشعر بأن المشروع سوف يلعب دورا هاما في عرض حقبة ذات أهمية في تاريخ مصر القديمة التي كانت تضم في ذلك الوقت المتحف المصري للآثار الفرعونية واليوناني والروماني في الإسكندرية ومتحف الفن الإسلامي بالقاهرة ومن هنا كان إنشاء المتحف القبطي ضروريا لعرض أثار تلك الفترة التاريخية في تاريخ مصر. إن أهم ما أضيف إلي المتحف القبطي هو ربط الجناح القديم بالجناح الجديد بواسطة ممر.والبداية تعود إلي عام1992عندما تم إغلاق الجناح القديم حيث حدث تصدع في الحوائط وشروخ في الأسقف بعد الزلازل فتم تجميع كل الآثار في المخازن ولم يبق متاحا إلا بعض القاعات في المتحف الجديد, ولهذا كان أول ما يتبادر إلي الذهن هو إعادة الفكر بالنسبة للمتحف,والتي كانت أول معالمه ربط المبنيين عن طريق ممر وتقسيم القاعات إلي ست وعشرين قاعة وتجديد سيناريو العرض,وقد بدأ تقسيم القاعات علي هذا الأساس,ولهذا فإن أهم إنجاز بالمتحف هو طريقة عرض الشرقيات التي كانت مثبتة في الحوائط وهو نيش يثبت عليه رحلة العائلة المقدسة أو السيد المسيح وتلاميذه وقد رفعت من الحوائط ورممت ووضعت في فاترينات.