أمر المستشار الدكتور تيمور مصطفي كامل رئيس هيئة النيابة الإدارية بإخطار وزير الكهرباء والطاقة ورئيس مجلس الوزراء بما إنتهت إليه تحقيقات النيابة في القضية رقم 62 \ 2011 رئاسة الهيئة. حول ما أثير من رئيس المركز القومى للأمان النووى والرقابة الإشعاعية بهيئة الطاقة الذرية بسبب توقف تشغيل مفاعل مصر البحثي الثاني بقدرة "22" ميجاوات عن العمل اعتبار من 10 ديسمبر 2009 وحتى الآن دون مبرر،الأمر الذى ترتب عليه أضرار مالية وعلمية وسياسية،وذلك نتيجة لرفض رئيس المركز إعطاء إذن بإستكمال أعمال التدشين للمفاعل إعتباراً من التاريخ المذكور بالرغم من إستيفاء متطلبات الأمان النووى, وهو ما ادي إلي توقف العديد من الانشطة المتمثلة في تدريب الكوادر البشرية للبرنامج النووي المصري ومعالجة النفايات المشعة وعلاج الأمراض كالسرطان والغدة الدرقية وتحسين إنتاجية المحاصيل والوقاية من الإشعاعات النووية، بالإضافة إلى التسبب فى خسارة مادية كبيرة قدرت ب 6 ملايين جنيه. هذا بخلاف مطالبة الشركة الأجنبية التي كانت تتولى عملية التدشين للمفاعل شركة "انيفاب" الأرجنتينية بتعويض قدره 4 ملايين دولار نتيجة التأخير في إصدار الإذن بتشغيل المفاعل حتي الآن. هذا بخلاف ضياع مشاركة مصر الدولية وإسهامها فى سد العجز المالى الخاص بإمدادات النظائر المشعة الطبية، وتلف وعطب كروت التحكم فى أنظمة المفاعل نتيجة عدم التشغيل والخشونة بمسارات قطبان التحكم رغم أن التصنيف الدولي وضع مصر المورد رقم 6 على مستوي العالم. وكان المهندس حسن يونس وزير الكهرباء والطاقة قد تقدم بالبلاغ رقم1607 لسنة2011 إلى هيئة النيابة الإدارية فى أبريل الماضى حول توقف مفاعل مصر البحثي الثانى منذ 2009 نتيجة عدم التوصل إلى صيغة تفاهم بين كل من رئيس هيئة الطاقة الذرية ورئيس المركز القومي للأمان النووي والرقابة الاشعاعية التابع للهيئة لاعطاء اذن تشغيل المفاعل, مما تسبب في توقفه ومانتج عن ذلك من اهدار للمال العام بقيمة 30 مليون جنيه متهماً رئيس المركز القومي للأمان النووي, والرقابة الاشعاعية بحجب وثائق الأمان الخاصة بمفاعل مصر البحثي الأول ومفاعل مصر البحثي الثاني عن شعبة امان المنشآت النووية منذ 2009، مما يعوق عمل الشعبة وان الخلافات الشخصية بين الطرفين هي ما أدت إلي تفاقم الوضع.
المفاعل استمر في التشغيل خلال الفترة من عام 1998 وحتي ديسمبر2009 عند القدرة القصوي للمفاعل22 ميجاوات حسب الحاجة علي النحو الموضح ببيانات التشغيل التي ترفق بالتقرير السنوي للمفاعل ودون ان يطلب رئيس المركز القومي للأمان النووي خلال تلك الفترة ثمة اشتراطات ومنها إجراء معايرة لأجهزة الوقاية الاشعاعية او اشتراط تشغيل المفاعل عند قدرة اقل من القدرة القصوي رغم رئاسة د. محمد ابراهيم حسين لمركز الأمان النووي اعتبارا من2008/5/8 كما لم يسبق لمركز الرصد الاشعاعي التابع فنيا ورئاسيا للمركز والمجاور مكانيا للمفاعل ان ابلغ عن وجود انبعاثات اشعاعية تزيد علي الخلفية الاشعاعية الطبيعية في منطقة المفاعل منذ تشغيله في1998 وهو ما تأكد بمطالعة صورة ضوئية من بيانات تشغيل المفاعل خلال الفترة من1998 وحتي2009 وكذلك التقرير السنوي للمفاعل من عام2003 وحتي2008, كما توصلت التحقيقات إلي ان اعمال معايرة اجهزة الرقاية الاشعاعية التي تمسك بإجرائها رئيس المركز اعتبارا من2009/12/10 لاتحول دون تشغيل المفاعل أو استمرار تشغيله. كما توصلت التحقيقات إلي إصرار رئيس المركز علي ان تتم اعمال المعايرة لأجهزة الوقاية الإشعاعية عن طريق جهة أجنبية متخصصة رغم عدم وجود إلزام بإجراء تلك المعايرة بمعرفة جهة دولية متخصصة سواء بتقرير تحليل الأمان النووي الصادر عن الشركة المصنعة والمعتمد بدون ملاحظات من مركز الأمان النووي في حينه، وأن إشتراطات الترخيص الممنوح من الأمان النووي وكذلك التنظيمات الارجنتينية الملزمة للجانب المصري لم يتضمنا اللجوء إلي جهة دولية متخصصة في مجال المعايرة. وقد ثبت من خلال التحقيقات التناقض في قرارات رئيس المركز القومي للأمان النووي بشأن تحديد القدرة القصوي التي يجب تشغيل المفاعل عندها بإشتراطه قبول الجهة المشغلة لتحديد القدرة القصوى للمفاعل عند 19.3 ميجاوات حراري و لك بتاريخ 13 يونيو 2010 كأساس لإستكمال أعمال التدشين لإنتاج "الموليبدنيوم 99" وهو ما يترتب عليه تسلم هيئة الطاقة الذرية للمفاعل من الشركة المصنعة عند القدرة 19.3 ميجاوات، فى حين أن التعاقد مع الشركة ينص على أن قدرته 22 ميجاوات، وهو ما يحول دون إمكانية الرجوع للشركة عقب التسلم إذا ما حاولت الجهة المشغلة أن ترتفع بالقدرة القصوي عقب التدشين لتصل إلي22 ميجاوات، وظهور مشكلات في هذه الشأن ثم عدول رئيس المركز عن ذلك بإصداره إذن التشغيل فى 29 يوليو 2010 مكتفياً بدراسة القدرة القصوى للمفاعل خلال أعمال التدشين. وتوصل التحقيقات أيضا إلى رفض رئيس المركز تشغيل المفاعل عند القدرة صفر لاعمال تدريب افراد المفاعل بكتابه المؤرخ في 24 يناير 2011 رغم ان تشغيل المفاعل عند هذه القدرة لايستلزم تشغيل أجهزة الوقاية الإشعاعية التي يوجد خلاف بشأن معايرتها، ورغم معارضة ذلك لما انتهت إليه لجنة التقييم والمتابعة بالمركز فى 4 نوفمبر 2010 برئاسة د. مصطفي عبدالعزيز رئيس شعبة امان المنشآت النووية من عدم وجود مانع من الموافقة على توصيف قلب المفاعل السابع في وجود أهداف الموليبدنيوم عند القدرة صفر! كما إنفرد رئيس المركز فى إتخاذ القرارات المتعلقة بتشغيل المفاعل وايقافه خلال الفترة من نوفمبر2009 وحتي فبراير2011 وتخطيه للجنة التقييم والمتابعة بالمركز المنوط بها استصدار اذن بالتشغيل ودون العرض على شعبة أمان المنشآت النووية بوصفها الشعبة المتخصصة.