التمس دفاع المتهمين الثانى والثالث بالقضية المعروفة اعلاميًا ب"خلية الظواهرى" براءة كلا المتهمين مما نسب إليهما من اتهامات، تأسيسًا على عدد من الدفوع التى أبداها الدفاع، وفى مقدمتها الدفع ببطلان اعترافات المتهمين امام النيابة العامة، نظرًا لكونها جاءت وليدةً للإكراه البدنى والمعنوى الواقع على المتهمين بالدعوى. كما دفع كذلك ببطلان اذن النيابة العامة الصادر بتاريخ (20 أكتوبر 2013 ) ، لعدم اشتماله على أسماء المتهمين المضبوطين، ليعقب دافعًا ببطلان شهادة الرائد محمد حسين أحد شهود الإثبات، لكونه مغايرًا للرائد محمد عبد الدايم ، مُجرى التحريات الأصلى.
فى سياق متصل قدم الدفاع دفعًا ببطلان التحريات وانعدامها وعدم التعويل عليها، نظرًا لعدم جديتها وتعارضها مع باقى دلائل الدعوى، مُختتما دفوعه بالإنتقال الى الدفع بإنتفاء أركان جريمة تأسيس التنظيم المسند الى المتهمين.
كانت نيابة أمن الدولة العليا أمرت بإحالة القضية لمحكمة الجنايات في مطلع شهر أبريل الماضي، وتضمن قرار الاتهام الصادر في القضية استمرار حبس 50 متهما بصورة احتياطية على ذمة القضية، والأمر بضبط وإحضار 18 متهما هاربا وحبسهم احتياطيا على ذمة القضية.
وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من "العناصر الإرهابية" شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.