قدم المحامى علاء علم الدين، عضو هيئة الدفاع عن المتهم محمد ربيع الظواهرى ، دفعًا ببطلان كافة إجراءات التحقيق الجنائي وما بُنى على تلك الإجراءات ، مُعللًا ذلك البطلان بعدم تسديد أوامر الحبس الاحتياطي الصادر من النيابة العامة ومن المحكمة كذلك، بالمخالفة لنصوص المادة "35" من دستور عام "2012 ". وواصل "علم الدين" مرافعته، دافعًا ببطلان التحريات، لمخالفتها الحقيقة والواقع، مما يترتب عليه بطلان إجراءات الضبط والتفتيش الصادرة بناءً على تلك التحريات، ليستطرد دافعًا بانتفاء أركان جريمة إنشاء وإدارة جماعة أسست على خلاف أحكام القانون، زاعماً عدم وجود تلك الجماعة من الأساس. كما دفع كذلك باستحالة تحقق حصول حيازة الأسلحة والذخائر والمفرقعات بواسطة الغير، والوارد بالبند 11 من قرار الاتهام ، تأسيسًا على أن بداية إحراز الغير لتلك الأسلحة والذخائر ، جاء لاحقًا لضبط المتهم كانت نيابة أمن الدولة العليا أمرت بإحالة القضية لمحكمة الجنايات في مطلع شهر أبريل الماضي، وتضمن قرار الاتهام الصادر في القضية استمرار حبس 50 متهما بصورة احتياطية على ذمة القضية، والأمر بضبط وإحضار 18 متهما هاربا وحبسهم احتياطيا على ذمة القضية. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من «العناصر الإرهابية» شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.