كشفت تحقيقات النيابة العامة أنه في أعقاب 30 يونية 2013، وأثناء الإعتصام الذي دعت إليه الجماعة بمنطقة رابعة العدوية، أعد المتهمان محمدبديع المرشد العام للجماعة، ومساعده محمود غزلان، مخططا لإشاعة الفوضى بالبلاد وإقتحام أقسام الشرطة ومؤسسات الدولة والممتلكات الخاصة بالمواطنين ودور عبادة المسيحيين، وإشعال النيران فيها للإيحاء بالخارج بفقدان الحكومة قدرتها على إدارة شئون البلاد في محاولة لإسقاط الدولة وتغيير شكل حكومتها، والإعلان عن حكومة بديلة تشكلها الجماعة وتسمية القائم بأعمال رئيس الجمهورية والسعي للإعتراف بذلك دوليا، وأعد التنظيم الإرهابي غرفة عمليات لمتاعبة تحركات أعضائه بالقاهرة الكبرى والإشراف على تنظيم المخطط المشار إليه.