بدأت العلاقات الثنائية في مجال الموارد المائية والرى بين كل من مصر وجنوب السودان بتوقيع مذكرة تفاهم في أغسطس 2006 بمنحة مصرية قدرها 186.2 مليون جنيه؛ لتنفيذ حزمة من المشروعات التنموية التي تعود بالنفع المباشر على مواطنى جنوب السودان. وتقوم وزارة الموارد المائية والري في الوقت الحالي بحفر وتجهيز 30 بئرًا جوفية مزودة بخزانات علوية وشبكة توزيع لتأمين احتياجات مياه الشرب النقية لما يقرب من 500 ألف مواطن جنوبي، ولتوفير مياه الشرب للثروة الحيوانية بجنوب السودان، وأيضاً مشروع تأهيل محطات قياس المناسيب؛ بهدف توفير كافة البيانات والمعلومات الخاصة بمشروعات التنمية، بالإضافة إلى إنشاء محطة رفع لمياه الشرب النقية بمدينة "واو"؛ لتوفير الاحتياجات المائية للاستخدامات المنزلية والثروة الحيوانية للتجمعات السكانية المعزولة خارج المدينة، والتى يجرى حاليًّا تنفيذها بمعرفة شركة "المقاولون العرب" المصرية. هذا بجانب الانتهاء من دراسات الجدوى الفنية الخاصة بسد "واو" المتعدد الأغراض كجزء من المنحة المقدمة، والتي تشمل (دراسات إنشائية وهيدروليكية ودراسات الطمى وتصميمات محطة الكهرباء وخط النقل الكهربائى)، ويجرى حاليًّا التحضير لعقد ورشة عمل موسعة؛ لعرض هذه الدراسات على جهات التمويل الدولية المانحة للمشاركة فى تمويل بناء السد، والذى من المقدر أن تصل تكلفته إلى 14 مليار جنيه بجميع مشتملاته. وتستعد وزارة الري لتنفيذ عدد من المشروعات التنموية، مثل مشروع تطهير المجارى الملاحية بحوض بحر الغزال، وتم الانتهاء من إنشاء أحد المراسى النهرية فى مدينة "واو" بولاية غرب بحر الغزال، والتى لها أهميتها الاستراتيجية فى ربط المدن والقرى الرئيسية بجنوب السودان ملاحيًّا، وذلك للعمل على تسهيل نقل البضائع والركاب بما ينعكس إيجابيًّا على تحسين الأحوال الاجتماعية والاقتصادية لشعب جنوب السودان، فضلاً عن تحسين الأحوال البيئية والأحوال الصحية. وأكد هاني رسلان رئيس وحدة دراسات السودان وحوض النل بمركز الأهرام للدراسات الاستراتيجية أهمية توطيد العلاقات المصرية بدولة جنوب السودان، ضمن مساعي الحكومة المصرية؛ للتواجد بشكل مؤثر وفعال بدول حوض النيل، لافتًا إلى أن علاقتنا بدولة جنوب السودان تسير في مسار منفصل عما يدور على الساحة بخصوص سد النهضة الإثيوبي؛ لأنه يقام على النيل الأزرق، وهو لا يمر بجنوب السودان. وأوضح رسلان أن العلاقات المصرية بجنوب السودان بدأت في ستينيات القرن الماضي بتخصيص منح لتعليم أبنائهم، ثم عاد التعاون بشكل أقوى في عام 2005 بتقديم مساعدات لإنشاء البنية الأساسية، فقد قامت مصر بإنارة 4 مدن، هذا بجانب الاهتمام بالجانب الصحي بإنشاء مراكز صحية تضم فريق طبي مصري شامل لتقديم الخدمة بالمجان. هذا بجانب حرص الحكومة المصرية على تعليم أبناء جنوب السودان؛ لتوفير كوادر فنية تساعد الجانب المصري على تنمية المجتمع ورفع المستوى المعيشي له؛ لأن هناك أعدادًا كبيرة من المواطنين الجنوبيين ما زالوا يعيشون على الرعي وجني الثمار، مضيفًا أن الزيارة التي يقوم بها وزير الري في الوقت الحالي تعبير عن المزيد من الاهتمام للدولة الشقيقة، ويتضح هذا من الوفد الممثل للحكومة المصرية. ومن جانبه قال الدكتور علاء الظواهري الخبير المائي إن توقيت الزيارة لجنوب السودان مناسب، لتوطيد العلاقات الثنائية بين البلدين، خاصة في ظل وجود اتفاقية مشتركة دائمة بين البلدين كمثيلتها بدولة السودان، لافتًا إلى إمكانية زيادة حصة مصر من المياه 20 مليار متر مكعب سنويًّا في حالة نجاح مساعي الحكومة المصرية في إحياء مشروع قناة جونجلي، واستقطاب فواقد المياه من المستنقعات المنتشرة بجنوب السودان.