أثارت تصريحات وكيل المخابرات السابق ثروت جودة أن المخابرات كانت ضد قرار قطع العلاقات مع سوريا على عكس ما اتخذه الرئيس المعزول مرسي الجدل حول التزام مرسي بتقارير المخابرات، كما كشفت تلك التصريحات عن مدى الاختلاف الذي كان بين رئيس جمهورية مصر العربية آنذاك وأجهزة ومؤسسات الدولة وعلى رأسها المخابرات، وهو الأمر الذي يؤكد أن مرسي كان يتخذ قراراته بمعزل عن التقارير الأمنية المقدمة له. وطرح الأمر تساؤلات حول: لماذا اتخذ مرسي ذلك القرار؟ وإلامَ استند؟ وما الأضرار التى ترتبت على قطع العلاقات؟ في هذا السياق يقول عاطف مغاوري عضو المكتب السياسي بحزب التجمع إن الموقف الذى اتخذه الرئيس المعزول محمد مرسي بقطع العلاقات مع سوريا هو إخراج لمصر من دورها الإقليمي ومحاولات اشتراكها فى إيجاد حلول للوضع فى سوريا، لافتاً إلى أن "هناك جلسة فى مجلس الشعب انعقدت فيها لجنة الشئون العربية بقيادة محمد سعيد إدريس، وتحدث فيها الحضور الذين كان أغلبهم من الإخوان والسلفيين عن ضرورة قطع العلاقات مع سوريا وطرد السفير من منظور طائفي بحت، مع عدم الالتفات إلى معايير الأمن القومي أو العلاقات الممتدة بين البلدين، ومن جهتي رفضت ذلك فى المجلس بشدة، ولم يلتفت لي أحد". وأضاف مغاوري أن قرار مرسي أيضاً في المؤتمر الذى عقده فى الاستاد بعنوان "دعم سوريا" كان بنفس المنظور الطائفي، وتجاهل نصائح الجميع بما فيها تقارير المخابرات التى كانت ترى الأمر من منظور الأمن القومي، ومن يقرأ التاريخ يدرك أن القاهرة ودمشق وبغداد هي المثلث الأساسي ومفتاح المنطقة. وأكد مغاوري أن قيادات الإخوان لا يقرءون التاريخ، وإذا قرءوه لا يفهمونه؛ لذلك فالمؤتمر الذي عقده مرسي بحضور قيادات الإخوان والسلفيين فى الاستاد وأعلن عن قطع العلاقات مع سوريا وطرد السفير السوري جاء متزامنًا مع الجهود التى كان يبذلها نفسه بين حماس وإسرائيل مساوياً بالطرفين، وواصفًا الاشتباكات بينهما بالأعمال العدائية المشتركة، ثم طرد السفير السوري وترك السفير الإسرائيلي فى القاهرة، لافتاً إلى أن العلاقات بين القاهرة ودمشق تاريخية وممتدة، وحين قصفت القاهرة فى 56 كانت الإذاعة السورية تقول "هنا القاهرة"، وجماعات الإسلام السياسي يريدون بما فعلوه تجذير صراع جديد فى المنطقة سني شيعي؛ ليحل محل الصراع الأساسي، وهو الصراع العربي الصهيوني. فيما أكد مجدي عيسى امين لجنة الشئون العربية بحزب الكرامة الشعبي الناصري أنه لو صح كلام السيد ثروت جودة بأن تقارير المخابرات المصرية كانت ضد قطع العلاقات مع سوريا، فالفرصة سانحة الآن أمام الرئيس السيسي لإعادة تلك العلاقات، فنحن الآن لدينا رئيس جديد، ونتحدث عن توجهات إقليمية جديدة، والحالة التى تشهدها المنطقة تجبر السيسي على إعادة تلك العلاقات بين القاهرةوسوريا، بل يجب أن تصل العلاقات لتكوين قوات عسكرية مشتركة لمكافحة الإرهاب هنا وهناك؛ للاستفادة من خبرة الجيش العربي السوري على مدار السنوات الماضية. وأضاف عيسى أن من يدرس استراتيجية وتاريخًا يعلم جيداً أن حدود الأمن القومي المصري تبدأ من جبال ضروس شمالاً فى سوريا إلى أوغندا وإثيوبيا جنوباً وحدود ليبيا الغربية وصولاً للجزائر، ومن يريد تأمين نفسه قوميًّا لا بد أن تكون علاقاته فى منتهى القوة مع تلك الدول، ومرسي لم يتفهم هذا واتخذ خطواته من مفهوم طائفي يعبر عن جماعته وبتوجه من قطر، وهي كانت رأس الحربة التى تمول الإرهابيين في سوريا؛ لمواجهة بشار الأسد فقط لاعتبارات سنية شيعية لا دخل للأمن القومي بها. وقال القيادي بحزب الكرامة "ليس من المنطقي أن تقطع مصر علاقاتها مع دولة كانت فى يوم من الأيام جزءًا من جمهورية متحدة مشتركة، ويطلق على الجيش السوري الجيش الأول، بينما الجيش المصري هو الجيش الثاني والثالث".