خلافات كبيرة ضربت لجنة الخمسين لتعديل الدستور، حول جدوى وجود غرفة تشريعية ثانية تحت مسمى «الشيوخ»، أو «الشورى» سابقًا، بعدما رأى فريق على رأسه عمرو موسى – رئيس اللجنة، أهمية وجوده بصلاحيات تشريعية ورقابية جديدة، في حين رأى فريق آخر على رأسه منى ذو الفقار – نائب رئيس اللجنة، عدم الحاجة إليه لعدم وجود أي دور يقتضي الإبقاء عليه. وحول أهمية وجود غرفة تشريعية ثانية، يؤكد الدكتور مختار غباشي – رئيس الوحدة السياسية بمركز الأهرام للدراسات الإستراتيجية، أن المرحلة الحالية لا تحتاج سوى غرفة تشريعية واحدة ممثلة في مجلس الشعب أو الأمة، تتمكن من إبرام تشريعات تليق بمصر في هذه المرحلة، ومساءلة الأنظمة الحاكمة حتى تتحقق أهداف الثورة. وأشار «غباشي» إلى أن الدول التي تعتمد على غرفتين تشريعيتين هي الدول التي تحكم بالنظام الفيدرالي أو نظام الولايات، موضحًا أن مجلس الشورى كان يكلف خرينة الدولة ما يقرب من 500 مليون سنويا، وأن الدولة أولى بتلك الأموال في المرحلة الحالية، والإصرار على إنشائه نوع من المجاملات غير المنطقية. وقال الدكتور حسن نافعة – أستاذ العلوم السياسية في جامعة القاهرة، إن قرار لجنة الخمسين بالإبقاء على مجلس الشورى سير في الطريق الخطأ، بدأته اللجنة بتحديد معالم النظام السياسي المصري، وربما يكون ذلك لاعتبارات قوى معينة على حساب شكل النظام نفسه. أما الدكتور إكرام بدر الدين – أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة، فيرى أن وجود غرفة تشريعية ثانية في الدول الديمقراطية هدفه الحفاظ على التوازن التشريعي، دون استبداد حزب معين بالأغلبية، مشيرًا إلى أنه يمكن إنشاء الغرفة التشريعية الثانية في مصر في تلك المرحلة، لضمان عدم حصول حزب لا يمتلك كفاءة كبيرة على الأغلبية، خاصة وأن مجلس الشورى يتم تعيين ثلث أعضائه. وأضاف أن الإبقاء على مجلس الشورى بنفس صورته القديمة، يعد إهدارًا للمال العام، ولا بد – حال الإبقاء عليه – أن يكون في شكل جديد، بصلاحيات جديدة وحقيقية. من جانبه، أعرب أحمد عز العرب – نائب رئيس حزب الوفد، تأييده لبقاء مجلس الشورى بعد وضع صلاحيات جديدة له، تكون ذات إفادة وليس كما كان عليه في فترة حكم مبارك، مطالبًا بإعطائه حق التشريع بجانب مجلس النواب. وقال «عز العرب»، إن مجلس الشورى في السابق كانت له صلاحيات واسعة وله الحق في التشريع، وأطلق عليه اسم مجلس الشيوخ، ولا بد من عودة الغرفة الثانية للتشريع، بنفس الاسم والصلاحيات.