جدل واسع نشب بين أعضاء اللجنة التأسيسية لوضع الدستور، بشأن عدم تحديد مهام منصب نائب رئيس الجمهورية، وهو سوف يجعله عبارة عن «سكرتير» لدى الرئيس، حيث أكد المعترضون على عدم تحديد اختصاصات النائب، أن لجنة نظام الحكم تجاهلت ذكر أى إشارة لنائب الرئيس فى أى مادة، فى أثناء إعدادها المسودة الأولية لباب نظام الحكم فى الدستور، وهو ما اعتبروه تعمدا، خصوصا أن حزب الحرية والعدالة -الذراع السياسية لجماعة الإخوان المسلمين- يريد إبقاء الوضع على ما هو عليه وأن لا يكون للنائب أى صلاحيات. عضو لجنة نظام الحكم وأستاذ القانون الدستورى، الدكتور داوود الباز، قال إن هناك تجاهلا لعدم ذكر أى اختصاصات لنائب الرئيس خلال مناقشات اللجنة لباب السلطة التنفيذية، لافتا إلى أن الأمر قد يكون إغفالا غير متعمد، لكنه يرى كعضو فى التأسيسية، ضرورة النص على أن يتم انتخابه مع الرئيس وأن تكون له صلاحيات، مؤكدا أن ذلك الأمر سوف يتم عرضه خلال مناقشة باب نظام الحكم بالجلسة العامة للتأسيسية.
نائب حزب النور السابق وعضو اللجنة التأسيسية الدكتور يونس مخيون، اعتبر وضع نائب رئيس الجمهورية فى الدستور، ما زال محل جدل بين الأعضاء، وأنه لم يتم الاتفاق على انتخابه مع الرئيس من عدمه.
المتحدث الرسمى للجنة التأسيسية للدستور الدكتور وحيد عبد المجيد، وصف وجود نائب رئيس الجمهورية مع عدم تحديد اختصاصات له فى الدستور الجديد مثل «الزائدة الدودية التى لا قيمة لها»، مشيرا إلى ضرورة تحديد مهام واضحة له حتى يكون له قيمة، وأن يكون هناك مادة تنص على انتخابه مع رئيس الجمهورية حتى تتحدد اختصاصاته.
دستور 71، كان قد تضمن ذكرا لنائب الرئيس فى أكثر من مادة، فمثلا المادة 82 نصت «على أنه إذا قام مانع مؤقت يحول دون مباشرة رئيس الجمهورية لاختصاصاته أناب عنه نائب رئيس الجمهورية أو رئيس مجلس الوزراء عند عدم وجود نائب لرئيس الجمهورية أو تعذر نيابته عنه ولا يجوز لمن ينوب عن رئيس الجمهورية طلب تعديل الدستور أو حل مجلس الشعب أو مجلس الشورى أو إقالة الوزارة».
كما نصت المادة 139 «على أن لرئيس الجمهورية أن يعين نائبا له أو أكثر، ويحدد اختصاصاتهم ويعفيهم من مناصبهم وتسرى القواعد المنظمة لمساءلة رئيس الجمهورية على نواب رئيس الجمهورية».
ونصت المادة 140: «يؤدى نائب رئيس الجمهورية أمام رئيس الجمهورية قبل مباشرة مهام منصبه اليمين الدستورية».
فى المقابل، لم ترد فى المسودة المبدئية للدستور فى باب السلطة التنفيذية أى إشارة لنائب الرئيس أو طريقة اختياره أو اختصاصاته، حتى المادة الخاصة بمن ينوب عن رئيس الجمهورية فى حالة وجود مانع مؤقت، التى ذكرت بباب نظام الحكم، قالت إن رئيس الوزراء هو من ينوب عن الرئيس فى حالة وجود مانع مؤقت، حيث جاء نص على تلك المادة تحت رقم «7».