لجنة الوزارة أكدت أن المسجد تم هدمه دون الرجوع إلي الجهات المختصة رغم أنه من المباني المحظور هدمها أعمال الهدم في مسجد الحلوجى التي أمرت المحافظة بإقافه أحالت وزارة الأوقاف ملف هدم وسرقة مسجد الحلوجي بحي الجمرك بالإسكندرية إلي التحقيق بعد المخالفات الجسيمة التي شابت صدور قرار من مديرية الأوقاف بالإسكندرية بهدم المسجد الصادر بحقه قرار وزاري بعدم هدمه ضمن 19 مسجداً أخري تعتبر من التراث المعماري لمدينة الإسكندرية. وشكلت وزارة الأوقاف لجنة برئاسة عزت البري - رئيس الإدارة المركزية لشئون الوجه البحري - لمعاينة المسجد والوقوف علي ما جاء بالشكوي المقدمة من العاملين بمديرية أوقاف الإسكندرية بخصوص هدم المسجد، وبعد المعاينة ذكرت اللجنة في تقريرها - الذي حصلت الدستور علي نسخة منه - أن مساحة المسجد 408 أمتار، وأنه بعد محاولات كثيرة علي مدي ثمانية أعوام «منذ عام 2001 حتي 2009» تم هدم مسجد الحلوجي من الداخل مع ترك الحوائط الخارجية حتي لا يتدخل الحي ويطلب تصريح هدم. وذكر التقرير أنه تم الانتهاء من صب الأعمدة بالداخل والتي تحمل سقف المسجد وجار صب الأعمدة الخارجية تمهيدا لهدم الحوائط الخارجية وإنشاء حوائط جديدة «وهو ما يعني هدم المسجد بالكامل». وأكدت اللجنة المشكلة من وزارة الأوقاف أنه لم يكن هناك أي متابعة من جانب الإدارة الهندسية لمديرية الأوقاف لما يتم داخل المسجد الصادر له قرار بترميم السقف وليس إحلاله وتجديده بأكمله. وخلصت اللجنة إلي أن مديرية الأوقاف بالإسكندرية قامت بهدم المسجد وضريحه رغم الخطابات المرسلة إليها من منطقة آثار الإسكندرية بعدم إجراء أي أعمال هدم، وكذلك خطاب مديرية الإسكان بتسجيل المسجد ضمن مجلد حصر العقارات والمباني المحظور هدمها بالإسكندرية لكونها من التراث المعماري للمدينة. واتهمت اللجنة مديرية أوقاف الإسكندرية بهدم المسجد دون الرجوع إلي وزارة الأوقاف، ودون اتباع الإجراءات المعمول بها عند هدم المساجد، ودون عمل مقايسة لأنقاض المسجد كما هو متبع وذلك لإمكانية حصرها والحفاظ عليها، وذكر التقرير أنه كان يوجد بالمسجد 22 عاموداً من الرخام بالإضافة إلي منبر من الخشب ومنارة من الرخام وأجزاء وقطع أثرية يصعب تقديرها بالمال تركتها المديرية للمتبرع ليتصرف فيها كيفما شاء. رأته اللجنة إهداراً للمال العام، كما اتهمت المديرية بإهدار 18 متراً - مساحة المسجد - عند الإحلال والتجديد، واتهمت اللجنة مدير أوقاف الإسكندرية «الشيخ محمد أبو حطب» ومدير الإدارة الهندسية بالمديرية المهندس نادي عبد الوهاب بالتقاعس في عدم وقف أعمال هدم المسجد فور علمهم بأهميته. وقد أرسلت اللجنة تقريرها إلي رئيس قطاع المديريات الإقليمية الذي أحال التقرير إلي وزير الأوقاف الذي أحال بدوره ملف هدم المسجد وجميع المتورطين فيه إلي التحقيق. أعقب ذلك قرار من اللواء عادل لبيب - محافظ الإسكندرية - صدر منذ عدة أيام بوقف أي أعمال هدم بالمسجد لحين انتهاء التحقيقات ومعاينة ما تمت سرقته من آثار نادرة وعواميد رخام كانت موجودة بالمسجد قبل هدمه، ورغم كل هذا فإن أعمال الهدم مازالت مستمرة خلال فترات الليل، مما دعا المهندس خالد الزعفراني - وكيل لجنة الشئون الدينية بالمجلس المحلي لمحافظة الإسكندرية - لإرسال بلاغ إلي النيابة العامة ضد مدير أوقاف الإسكندرية الشيخ محمد أبو حطب أعقبه مذكرة إلي محافظ الإسكندرية باستمرار أعمال الهدم في المسجد خلال الليل طالب الزعفراني بوضع حراسة علي المسجد لحين تشكيل لجنة لفحص ما تمت سرقته من المسجد بتواطؤ من مسئولي وزارة الأوقاف بالإسكندرية.
