انتقد عدد من أعضاء مجمع البحوث الإسلامية بيان جبهة علماء الأزهر الذي هاجم فتوي المجمع المؤيدة لبناء الجدار الفولاذي بين مصر وفلسطين، حيث كانت جبهة علماء الأزهر قد وصفت الفتوي بإحدي فتاوي الكفر ومن الأعمال الموبقات السبعة، فمن جانبه أشار الدكتور عبدالمعطي بيومي- عضو المجمع- إلي أن بيان جبهة علماء الأزهر جاهل ومغرض، مضيفاً: أنهم لم يحاولوا فهم الفتوي قبل توجيه مثل هذه الاتهامات، وقال بيومي إن المجمع يري أن سيادة مصر أهم من أي قضايا سياسية، مؤكداً أنه لا توجد دولة في العالم لا تحكم السيطرة علي حدودها، وأكد أن الجدار لن يساعد علي قتل الفلسطينيين. وقال بيومي: الحصار هو الذي يساعد علي قتل الفلسطينيين، مؤكداً أن أعضاء المجمع اتفقوا من الجانب الشرعي علي أن بناء الجدار واجب ديني وأنه ضروري للسيطرة علي حدود مصر، كما تجاهل بيومي آراء الجبهة وقال: لا يوجد شيء يسمي بجبهة علماء الأزهر ولا نعترف بها لأن أغلبهم من أعضاء الجماعة المحظورة وآراءهم الفقهية مشكوك في صحتها. في حين، علق الدكتور سالم عبدالجليل- وكيل وزارة الأوقاف لشئون الدعوة- علي بيان جبهة علماء الأزهر مؤكداً أن أصحابه لم يحاولوا فهم الرأي الآخر وحقيقة الفتوي التي تؤيد الجدار، وقال: إن بناء الجدار لا يهدف إلي منع المعونات عن غزة وإنما المقصود منه منع تهريب المواد التي تعود بالضرر علي المواطنين المصريين، وقد أثبتت التفجيرات التي وقعت في سيناء صحة قرار بناء الجدار، بالإضافة إلي المواد المخدرة التي يتم تهريبها؛ فالأزهر في تأييده حرم الضرر علي المصريين ويؤيد فتح المعابر الرسمية. من ناحية أخري، أكد الدكتور محمد عبدالمنعم البري- رئيس جبهة علماء الأزهر- أن أعضاء المجمع أحرار في إصدار الفتاوي التي يؤمنون بها وللجبهة مطلق الحرية في اتباع الرأي الشرعي الصحيح الذي لا يؤدي إلي إيزاء المسلمين العزل ويمنع عنهم المعونات الضرورية، وأضاف أن الجبهة تتمسك بالقديم ولا تؤيد ضلالة، وطالب البري أعضاء المجمع بالرجوع إلي الحق واتباع رأي جموع المسلمين، وقال إن تجاهل الأزهر لهم لن يجعلهم يتراجعون عن مواقفهم ومخالفة الرأي الشرعي الصحيح من أجل أغراض حاكم ظالم ومتطلبات السلطة.