أكد الأنبا باخوميوس -قائم مقام بطريرك الكنيسة الأرثوذوكسية- أن أقباط مصر يعانون من ضغوط دينية واقتصادية وأمنية وشعبية، وأن هناك اضطهادا للمسيحيين في مصر. وأشار باخوميوس -خلال مداخلة هاتفية ببرنامج "90 دقيقة" والذي يُذاع على قناة المحور- إلى أنه لا يوجد في الحكومة سوى وزير واحد مسيحي لوزارة البحث العلمي، واصفا تلك الوزارة بأنها "نصف وزارة". وشدد باخوميوس على أن التشكيل الحكومي الجديد أغضب الأقباط، لافتا النظر في الوقت ذاته إلى أن تعيين الدكتور سمير مرقص مساعدا للرئيس أسعد الأقباط، مستدركا: "ولكنه للأسف مسيحي واحد وسط عشرات من التعيينات". وتساءل باخوميوس: "كيف يشعر الأقباط بالأمان وواحد طلع اعترف بأنه حرق الإنجيل والحكومة لم تتخذ ضده أي شيء؟"، مؤكدا: "الأسر المسيحية في رفح ما زالت تشعر بعدم الأمان رغم وجود المدرعات والأمن لحمايتها". ولفت باخوميوس النظر إلى أن رفح ليست ملكا للأقباط فقط وإنما أرض وحدود لمصر ويجب أن يخاف عليها الجميع، مطالبا بضرورة زيادة الجهود الأمنية والسياسية والشعبية لعدم تكرار أزمة رفح، مؤكدا أن الكنيسة تشدد على أبنائها ألا يتركوا مصر لأنها بلدهم.