قال إكرام لمعي، المتحدث الرسمي باسم الكنيسة الإنجيلية، إن علاقة الكنيسة مع الدولة بعد وصول "الإخوان المسلمين" الي الحكم ستكون التحدي الأكبر ل "البابا" المُنتظر، متخوفاً من تكرار العلاقة التي كانت تجمع بين البابا "شنودة" الراحل والرئيس السابق "حسني مبارك"،حيث كانت العلاقة بينهما فردية ومتغافلة عن مصالح الأقباط ومطالبهم، وهو ما تسبب في تجمد مشكلات الأقباط طوال فترة ولاية البابا شنودة. وطالب لمعي البابا المنتظر، أن يترك للأقباط الحرية في التعبير عن آرائهم، ومواقفهم السياسية، والسماح لشباب الأقباط بالدخول في أحزاب سياسية، و أن هذا ما ينتظرون تحقيقه بعد ثورة يناير، وبعد خروج الأقباط للتعبير عن آرائهم على مدار العامين الماضيين. و عن القضايا الأخرى التي تنتظر البابا قال لمعي، "الحوار داخل الكنيسة" ثاني أكبر تحدي أمام البابا و تحويل الدفة من اتجاه القرار الفردي الذي كان مسيطراً على الكنيسة على مدار العقود الماضية إلى اتجاه العمل المؤسسي ، بالإضافة الي القضايا الهامة والتي من أبرزها قانون دور العبادة الموح، وقانون الأحوال الشخصية لغير المسلمين، وأقباط 38 و العلمانية المسيحية ومطالبها.