فى الوقت الذى تم العثور فيه على أجزاء من حطام الطائرة المصرية القادمة من باريس بعد الدفع بطائرات للبحث والانقاذ ظهرت عدة اسئلة عن سر سقوط طائرة مصر للطيران التى أقلعت من مطار شارل ديجول وتحولت هذه الأسئلة إلى ألغاز بسبب عدم وضوح الرؤية ومعرفة كواليس وأسرار ما دار فى الدقائق الأخيرة التى أعقبت اختفاء الطائرة عقب مغادرتها فرنسا وهو ما طرح وجود 5 ألغاز تنتظر الإجابة عليها عقب العثور على الصندوقين الأسودين بالطائرة. أول هذه الألغاز هو ماأكده رئيس فرنسا فرنسوا أولاند انه تم التأكد من وجود عمل إرهابى أدى إلى سقوط الطائرة فى الساعات الأولى لاختفاء الطائرة أن هناك تحقيقات موسعه من قبل الاستخبارات الفرنسية للتعرف على مرتكبى العمل الإرهابى الذى لحق بالطائرة ورغم ما أعلنه رئيس فرنسا عن تأكده من تورط إرهابيين فى هذا العمل إلا أن فرنسا لم تكشف فى تصريحات رسمية حتى الان عن هٌوية الإرهابيين المشاركين فى هذا العمل ولم تشر فرنسا إلى نوعية هذا العمل سواء كان تفجيرا بواسطة تفخيخ الطائرة أو سيطرة فدائيين على قمرة القيادة وإسقاطها. وثانى هذه الألغاز التى طرحت نفسها وبقوة خلال ال 48 ساعة الماضية هو ما أكده آلان كارتر قائد الطائرة البريطانية بوينج 747 B الذى مرّ من نفس الاجواء التى مرت بها الطائرة المنكوبة وكان فى نفس التوقيت وقال كارتر لإذاعة «بى بى سى» إن الطائرة المصرية كانت تحلق على ارتفاع 37 الف قدم بينما كنت محلقا على ارتفاع 39 الف قدم وكانت الاجواء صافية مما يستعبد عنه سوء الاحوال الجوية وأشار كارتر إلى انه كان متجها إلى السعودية بعد ان غادر ميلانو الإيطالية. ويأتى اللغز الثالث فى تحطم الطائرة بما اعلنت عنه السلطات اليونانية فور انقطاع الاتصال بالطائرة واختفائها من على شاشات الرادر ومنها الاتصالات التى تمت بين الطائرة والسلطات اليوناية حيث أكدت أثينا أن الطائرة دخلت منطقة التحكم فى المرور الجوى اليونانى، الساعة 2:24 بتوقيت اليونان، وتم التعرف عليها والموافقة على دخولها المجال الجوى والسماح لها بالمرور، وعبرت القطاع الأول للتحكم الجوى ثم اتجهت للقطاع الثانى ليتولاها مراقبون جويون جدد حتى خروجها وحاول المراقبون الجويون الاتصال بالطيار مجددا عند الساعة 03:27 بالتوقيت المحلى لتسليم الطائرة إلى منطقة المسئولية المصرية، لكنها لم تستجب الطائرة، وعند الساعة 3:29، كانت الطائرة قد تخطت نقطة الخروج من المجال الجوى التابع ل«أثينا» ثم اختفت من على الرادار، وهو ما يعنى أن الطائرة كانت تتحرك طوال دقيقتين كاملتين دون أن يستجيب الطيار لنداءات برج المراقبة. بينما اللغز الرابع يدور حول تساؤل هو كيف تم السقوط المفاجئ والسريع للطائرة وهى على ارتفاع 37 الف قدم مما يؤكد معه وجود خلل اصاب الطائرة جعلها تفقد توازنها بسرعة رهيبة وظل السؤال الابرز ما الذى حدث للطائرة وما الذى دار وهل هناك خلافات تمت بين طاقم الطائرة وهل ارسلت الطائرة نداء استغاثه. واللغز الخامس وهو وثيق الصلة بهبوط الطائرة ووجود اجزاء من حطامها ويكمن فى السؤال الذى حير خبراء الطيران وهو هل شب حريق فى قمرة القيادة ادى إلى اشتعال الدائرة الكهربائية واصابها بخلل وادى ذلك لاختفاء الطائرة من على شاشات الطيران ام ان قنبلة شديدة الانفجار وضعت داخلها بسبب ضعف تأمين مطار شارل ديجول الذى ضربته الاعتصامات مؤخراً.
