تباينت ردود الأفعال حول تقرير الحريات الدينية الصادر عن الخارجية الأمريكية، الذي جاء فيه أن الحرية الدينية فى مصر "ضعيفة جدا"، وأن حكومتها لاتنشط في تقديم مرتكبي أعمال العنف الطائفي إلى العدالة. وأكدت جماعة "الإخوان المسلمين" أنها ستقف بقوة "ضد أي تدخل أمريكي" ، فقد طالبت قيادات كنسية وقبطية مسؤولي الدولة بحل مشاكل الأقباط، وعلى رأسها إصدار قانون دور العبادة الموحد ووقف ما يعتبرونه "كل أشكال التمييز الطائفي" ، وتقديم الجناة فى حوادث الاعتداء على الكنائس للعدالة. ومن جانبهم اختلف خبراء سياسيون حول التقرير. وقال الدكتور مصطفى الغنيمى، عضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين، إن تقرير الخارجية الأمريكية ليس جديدا على واشنطن، فهى تسعى للتدخل فى شؤون مصر الداخلية، وهذا ما نرفضه تماما بأى شكل من الأشكال. وأضاف الغنيمي في تصريحات له "جماعة الإخوان المسلمين من أحرص الفصائل على إطلاق الحريات للجميع، وتحقيق المساواة فى الحقوق والواجبات لمختلف طوائف المجتمع واحترام جميع الأقليات". وتابع: "كل المواطنين فى مصر درجة أولى ولا يوجد مواطن درجة ثانية، ونرفض أى شكل من أشكال التدخل فى عمل الرئيس الدكتور محمد مرسى أو الدكتور هشام قنديل، رئيس الحكومة، وأي تدخل سنقف في مواجهته بقوة." في سياق متصل ، قال الأنبا مرقس، أسقف شبرا الخيمة، رئيس لجنة الإعلام للمجمع المقدس، في تعليقه على التقرير: "إن الكنيسة ترفض أى أشكال التدخل فى الشؤون المصرية الداخلية، ولكن فى نفس الوقت نطالب الدولة بالحافظ على حقوق الأقباط وإقرار قانون دور العبادة، حسم موقف بعض المتطرفين دينيا ضد الأقباط". وشدد على ضرورة منع الاعتداءات المتكررة ضد الأقباط، وتقديم الجناة للمحكمة. وقال الدكتور أندريا زكي، نائب رئيس الطائفة الإنجيلية: "موقفنا واضح تجاه التقارير التي تأتي من خارج مصر، ونتحفظ عليها" ، واستطرد: "لكن هذا لا يعني أن أوضاع الأقباط على ما يرام، خاصة في ظل تصريحات بعض قيادات السلفية حول المواطنة." وأشار رفيق جريش ،المتحدث الرسمي باسم الكنيسة الكاثوليكية، إلى أن "الكنيسة ترفض التدخل الخارجي في الشؤون الداخلية، وسبق أن أبلغنا وزيرة الخارجية الأمريكية بأن الأقباط لا يحتاجون الولاياتالمتحدة وطلبنا منها أن ترفع يدها عن مصر." على الجانب الآخر،رحب هاندروس عويضة، منسق اتحاد شباب ماسبيرو بالتقرير، وطالب الحكومة بتحقيق العدالة وتحسين أوضاع الأقباط. من جانبه، انتقد الدكتور عمرو هاشم ربيع، الباحث بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، التقرير وأكد أن هناك حالة من الحراك الإيجابى تجاه حقوق الإنسان فى مصر، قائلاً: "هذا التقرير يعتبر نسخة طبق الأصل من التقارير التى تعدها الخارجية الأمريكية كل عام، وهو نوع من لى ذراع الجهات المصرية بإشعارها بأن هناك محاولات تقصير منها فى الجانب الأمنى وحماية الأقباط". وأضاف ربيع: "مما لا شك فيه أن هناك تقدما فى حالة حقوق الإنسان والحريات العامة فى مصر بعد سقوط مبارك، وأصبح حق التظاهر مكفولا وكذلك الاعتصام وحتى الإضراب دون تعامل عنيف من جانب الأمن، كما كان يحدث أيام مبارك." وواصل ربيع: "كما قلت كثيراً المحسوبيات والرشاوي ، وأصبح هناك حديث دائم عن منح الأقباط بعض المناصب الرفيعة في الدولة، مثل منصب نائب الرئيس أو مستشارين له»، في حين اختلف معه الدكتور عماد جاد ، عضو الهيئة العليا للحزب المصرى الديمقراطى الاجتماعى قائلاً: «معظم ما جاء فى التقرير عن الحالة الدينية فى مصر صحيح تماماً، فحتى الآن لم يتم تقديم مرتكبى جرائم كنائس القديسين أو إمبابة أو أطفيح للمحاكمات، ولم يتم حتى القبض عليهم، مما يسهل تكرار مثل هذه الجرائم مرة أخرى". من جانبها، رأت الدكتورة جورجيت قليني،عضو المجلس القومى لحقوق الإنسان، ضرورة التعرف على مصادر المعلومات التى اعتمدت عليها، وقالت: "لابد أن نعرف هل اعتمدت المعلومات على رصد منظمات حقوق الإنسان الدولية، لأن مسألة الحريات كلها مسألة تتعدى حدود أى دولة، ومصر عضو فى منظمات دولية ومعرضة لأن توجه النقد أو تتلقى نقدا من أى دولة أخرى عضو فى نفس تلك المنظمات". وأشارت إلى أن مجلس الشورى من قبل وجه انتقادا لأحوال المسلمين فى بورما، و«هذا شىء عادى جدا ووارد، مع التأكيد على أن رصد شكاوى المنظمات الدولية وحده لا يكفي".