حرص رجال السلامة البحرية علي إستخراج الصندوق الأسود من قلب السفينة.. لتأكدهم من أن الوحيد الذي سيحمل شهادة البراءة لهم ولاول مرة يتم استخراج صندوق اسود من قلب سفينة بعد غرقها علي مستوي العالم كله وهذا ما ذكرته موسوعة جينيس. وبالتعاون مع القوات المسلحة تم استدعاء غواصه لالتقاط الصندوق بعد تحديد مكانه بالضبط بالاجهزة في باطن الارض ذلك الصندوق الذي كانت لجنة السلامه البحرية قد ذكرت ملحوظة أثناء تفتيشها عليه واستدعي وقتها خبير أجنبي من انجلترا لاصلاحه قبل ابحار السفينة يوم 19/8/2005 وهذا مسجل بالاوراق والمستندات. بعد نجاح عملية استخراج الصندوق تم ارساله الي انجلترا مع مندوب من القوات المسلحة ولجنة فنية متخصصة لفكه وقراءة البيانات المدونه عليه وتبين تسجيله ل 14 معلومه منها معلومة صوتيه سجلت الحوار الدائر بين طاقم السفينة والركاب والاستغاثات التي صدرت. أثبت تقرير الصندوق والتقرير تم تسليمه للنيابة والمحكمة التي أصدرت حكم البراءة الأول. بدأت عملية الغرق الساعة 7.30 صباح يوم 2.2 والغرق الكامل في صباح اليوم التالي 3/2 .. حدث ذلك عندما شب حريق بالجراج وكانت السفينة خرجت من الميناء السعودي بميل 5.1 درجه نتيجة عدم توزيع الشحنة بداخلها توزيعا عادلا مما أدي لميلها وهو ما سجل بالوثائق السعودية. ومع ارتفاع الامواج وعلو البحر الي 5.1 متر زاد ميل السفينة ووصل الي 5 درجات .. ولان الصفايات بتوقف عملها والموجودة بالجراج عند هذه الدرجة دخلت المياه وتجمعت في طول وعرض المركب تم حسابها ب 3 آلاف طن في قلب السفينة .. مما زاد الميل ليصل الي 18 درجة وبقي الأمر علي ذلك حوالي 3.5 ساعة. تم فك الرماسات الجانبية "قوارب النجاه" 88 رماسا و10 لنشات 5 من كل جانب كان مفترض ان تحمل 8900 راكب ولكن استخدمها 300 فرد فقط هم الناجون ولم يقم العاملون بالسفينة بفك الأربطة عن الرماسات لاستخدامها. إشارات الصندوق الاسود . ارسال استغاثه في الساعة 58.23 يوم 2 فبراير 2006 التقطتها غرفة الانقاذ الجوية البحرية التابعة لسلاح الجو البريطاني باسكتلندا إشارات استغاثة أوتوماتيكية وقامت السفينة البريطانية بالانحراف عن مسارها للمساعدة في الانقاذ ورفضت السلطات المصرية عرضا من القوات البحرية الاسرائيلية بالمساعدة في الإغاثة إلا أنها وافقت علي عرض بالمساعدة من طائرة استطلاع أمريكية بعد رفضها قائلة بأنها لا حاجة لها للمساعدة. ونقلت وكالة رويتر يوم 3/2 تقارير عن وجود عشرات الجثث الطافية علي سطج البحر الأحمر وقامت فرقاطات مصرية بالبحث والانقاذ. انقذ قبطان برتغالي 33 من الركاب.. وانقذت القوات السعودية 44 مواطناً سعودي و123 راكبا مصريا حملتهم الي السعودية ب 20 طائرة مروحيه تم علاجهم هناك. أكدت جميع المصادر استحالة نجاة ربان السفينة "سيد عمر" بررت ذلك بأن السفينة كان عرضها 24 مترا عند غرقها وتقوم بتفريغ مساحة حولها لا تقل عن 200 متر وتغرق عموديا "رأسيه".