رفض القضاة إصرار المجلس الأعلي لهيئة قضايا الدولة علي إنشاء النيابة المدنية وهي الفكرة المقترحة من قبل لجنة نظام الحكم باللجنة التأسيسية لوضع الدستور الجديد والتي رفضها المستشار حسام الغرياني رئيس اللجنة التأسيسية لوضع الدستور. اعتبر القضاة أن فحص القضايا وتحضيرها قبل إحالتها للمحكمة أسلوب للتطويل وتعطيل العدالة ويجعل المحامين بهيئة قضايا الدولة يدخلون نسيج القضاء دون التدرج في مناصب معاون نيابة ووكيل نيابة ثم قاضي جزئي ومازالت الخلافات مستمرة بين المستشار حسام الغرياني وهيئة قضايا الدولة. قال محمد طوسون رئيس الجنة التشريعية والدستورية بمجلس الشوري ان هناك مناقشات بمجلس الشوري مع عدد كبير من مستشاري هيئة قضايا الدولة لحل الأزمة بين هيئة قضايا الدولة واللجنة التأسيسية للدستور الجديد والحل هو مشروع القضاء الموحد الذي يسد جميع الثغرات القانونية والخلافات بين الهيئات القضائية واللجنة التأسيسية لوضع الدستور الجديد. أضاف: للاستفادة من كل الطاقات القضائية الموجودة لابد من إعادة توزيع الاختصاصات لعدم تعارض الهيئات القضائية مع بعضها البعض والقضاء الموحد أعم وأشمل من استقلال كل هيئة قضائية ويعتبر القضاء الموحد أهم من إنشاء النيابة المدنية التي يطالب بها المحامون بهيئة قضايا الدولة. يقول المستشار عاصم عبدالجبار نائب رئيس محكمة النقض كيف ينضم المحامون بهيئة قضايا الدولة إلي نسيج القضاء دون التدرج في مناصب معاون النيابة ثم وكيل نيابة ثم قاضي جزئي وإذا حدث إنشاء النيابة المدنية المقترحة بلجنة نظام الحكم سوف يحدث خللا في المنظومة القضائية في مصر ولا وقت للمطالب الفئوية حاليا وقد فشل نظام النيابة المدنية منذ عام "1941" وحتي "1943" وتم إلغاؤه بعد ذلك لأنه نظام يعطل العدالة ويطيل أجل الدعاوي القضائية حتي تم تعديل قانون السلطة القضائية عام "1943" ثم تم تعديل القانون مرة أخري عام "1972". أضاف: إن دور هيئة قضايا الدولة هو الدفاع عن الدولة في القضايا المرفوعة علي الوزارات والأجهزة الحكومية أو رفع قضايا للحصول علي حق الحكومة والسلطة التنفيذية ولا يمكن وضع فكرة النيابة المدنية في الدستور الجديد لأنها لن تفيد المنظومة القضائية في مصر أو تفيد المواطنين رافعي الدعاوي القضائية ضد الحكومة بل المستفيد الوحيد هم المحامون في هيئة قضايا الدولة. يشير المستشار مصطفي جاويش رئيس محكمة جنايات شبرا الخيمة إلي أن استقلال هيئة قضايا الدولة عن السلطة التنفيذية صعب لأن وظيفة هيئة قضايا الدولة الدفاع عن الحكومة في القضايا المرفوعة ضدها وهم تابعون لوزير العدل الذي يشرف عليهم وهم يحضرون بالنيابة عن الدولة في القضايا التي ترفع ضدها وما يطالبون به من إنشاء نيابة مدنية يصعب تنفيذه والمستشار الغرياني له الحق في رفض مطالب هيئة قضايا الدولة لأنها سوف تؤدي لتعطيل مصالح المتقاضين ولا داعي لتحضير الدعوي القضائية قبل رفعها للقضاة والمهلة التي طلبها للتفكير في اقتراح إنشاء نيابة مدنية لا يتم تفسيرها علي انه وافق علي ذلك بل ان وضع هيئة قضايا الدولة في الدستور الجديد لابد أن يكون تحت إشراف وزير العدل لأن اختصاص قضايا الدولة هو الدفاع عن الحكومة في جميع القضايا المرفوعة عليها. المستشار زكريا عبدالعزيز رئيس نادي القضاة سابقاً يؤكد أن النيابة المدنية ليس لها أي فائدة لأنها مجرد تطويل في إجراءات التقاضي وعام 1933 تم إلغاء نظام قاضي التحقيق لأنه لا جدوي منه وأيضاً مستشار الاحالة وهيئات المفوضين ولجان فض المنازعات كلها خطوات تؤدي لتعطيل العدالة ولا جدوي منها ويجب أن ترفع الدعوي أمام القاضي مباشرة والنيابة المدنية التي يطالب بها مستشارو هيئة قضايا الدولة لا فائدة لها ولا يمكن وضعها في الدستور الجديد لأن الدستور يصعب تغييره والنيابة المدنية نظام مبتدع يفشل أو ينجح لذلك لا يمكن وضعها في الدستور وللأسف الكل ينظر إلي المصالح الضيقة دون النظر إلي مصلحة المتقاضين والقضاء والمستشار الغرياني له كل الحق في رفض فكرة النيابة المدنية رغم تمسك المجلس الأعلي لهيئة قضايا الدولة بها ويمكن تنفيذ مبدأ استقلال النيابة الإدارية أما استقلال هيئة قضايا الدولة يصعب تنفيذه لأنهم يدافعون عن السلطة التنفيذية ويحضرون أمام المحاكم بالنيابة عن الدولة فكيف يمكن استقلالهم في الدستور الجديد. يقول المستشار جميل قلدس بشاي رئيس محكمة استئناف القاهرة سابقاً: هيئة قضايا الدولة تطالب بشيء لا يمكن تنفيذه ووضعه في الدستور الجديد لأن النيابة المدنية المقترحة تقوم بتحضير الدعوي قبل رفعها للقضاء وذلك يؤدي لتعطيل العدالة والفصل في القضايا لأن النيابة المدنية سوف تسأل مقيم الدعوي علي المستندات والدليل ثم تقدم الدعوي للمحكمة وهيئة قضايا الدولة من يعمل بها هو في عرف القانون محام فكيف يدخلون في نسيج القضاء بفكرة النيابة المدنية. أضاف: من يقوم بتحضير الدعوي هو المدعي ذاته لأنه هو الأدري بمشكلته وبالمستند الرسمي أو العرفي الذي يحمله والدليل الذي يملكه حتي يحصل علي حقه والمستشار حسام الغرياني رئيس الجمعية التأسيسية لوضع الدستور الجديد يرفض فكرة النيابة المدنية لأنها تعطي مميزات القضاة لمحامي هيئة قضايا الدولة دون النظر للصالح العام ودور هيئة قضايا الدولة لا يمكن أن ينفصل عن السلطة التنفيذية لأن دورهم الدفاع عن الحكومة في أي قضية أو يقومون برفع قضايا للحفاظ علي حقوق الحكومة والدفاع عنها.