أثارت عدة بنود باللائحة التنفيذية لمجلس النواب جدلًا واسعًا، لاسيما الخاصة بعدم عرض الموازنة الخاصة بالمجلس على الجهاز المركزى للمحاسبات، والتى تعد المرة الأولى التى لم تعرض فيها لائحة البرلمان على الجهاز الرقابي. وتنص المادة ( 404) فى اللائحة، على أن المجلس مستقل بموازنته، ويعد رقم واحد فى موازنة الدولة، وهى ضمن المواد التى تحفظ عليها مجلس الدولة فى توصياته أثناء مراجعة اللائحة التنفيذية للمجلس. وقال فؤاد عبد النبي, الخبير الدستوري, وأستاذ القانون بجامعة المنوفية, إن "تحصين موازنة مجلس النواب, ما هو إلا نوع من خروج النواب عن سيادة القانون ودستور 2014وابتزاز للشعب, إلى جانب مخالفة حلف اليمين الدستورية". وأضاف ل"المصريون", أن نواب البرلمان خالفوا الدستور لأن المادة "185" تنص على ضرورة أن تخضع موازنة مجلس النواب للموازنة العامة للدولة رقم واحد. وقال الدكتور رمضان بطيخ، أستاذ القانون الدستورى بجامعة عين شمس، إن المادة ( 219) فى الدستور، تنص على أن يتولى الجهاز المركزى للمحاسبات الرقابة على أموال الدولة والأشخاص الاعتبارية العامة، والجهات الأخرى التى يحددها القانون، ومراقبة تنفيذ الموازنة العامة، والموازنات المستقلة، ومراجعة حساباتها الختامية، موضحًا أن هذه المادة تعرض اللائحة التنفيذية للبطلان، وأيضًا المجلس للمساءلة القانونية. وقال الدكتور حسن نافعة، أستاذ العلوم السياسية، إن هذه المواد تتعارض مع مبدأ الشفافية ويجب تعديلها أو تبقى كما كانت فى اللائحة القديمة، موضحًا أن المواطن من حقه أن يعرف كل كبيرة وصغيرة تتعلق بالنائب الذى انتخبه. وأضاف: "المجلس حتى الآن لم يقدم جديدًا للمواطن، ولا يزال يعانى من صراعات شخصية تعوقه على تأدية مهامه المنصوص عليها فى الدستور". كان مجلس النواب، وافق خلال جلسته العامة على ما انتهت إليه لجنة إعداد مشروع اللائحة الداخلية، بالتمسك بالمادة 404 التى تنص على إدراج موازنة برقم واحد فى موازنة الدولة، وذلك عكس ما انتهى إليه مجلس الدولة.