على الرغم من أن الهيكل التنظيمي لجماعة الإخوان المسلمين أصيب في مقتل عقب أحداث 3 يوليو وما تلاها، إلا أنها حتى الآن لم تفقد قدرتها على مواصلة العمل المنظمى، وخدمة جميع الحركات التي دشنت خلال الفترة الماضية على الخطة الرئيسية التي تعمل بها الجماعة إلا وهي التضييق على النظام في الخارج ومحاكمته دوليًا. فقدمت حركة طلاب ضد الانقلاب بجامعة الأزهر ملف أعدته يوثق الانتهاكات التي تعرض لها الطلاب بجامعات مصر بشكل عام والأزهر بشكل خاص خلال التيرم الدراسي الأول، للائتلاف العالمي للحريات والحقوق (ICFR)، وذلك خلال زيارة للائتلاف لمصر.
وأكدت الحركة، عبر صفحتها على "فيس بوك"، على أنهم مستمرون في رصد وتوثيق تلك الانتهاكات، وذلك لاستخدامها في الدعاوي التي سيرفعونها على إدارة الجامعة وقادة الانقلاب وحكومته دوليًا على حد قولهم. وكان المرصد الطلابي الحر، التابع لحركة طلاب ضد الانقلاب والمختص برصد وتوثيق حالات الاعتداء على الطلاب، أكد في آخر تقرير له أن أعداد المعتقلين وصلت إلى 1347 معتقلاً، من مختلف جامعات وكليات مصر، فيما وصل أعداد الشهداء من الطلاب إلى 176.
وأوضح المرصد، في رسم بياني أعده للتوضيح عبر صفحتهم على فيس بوك، أن جامعة الأزهر تحتل المركز الأول حيث بعدد معتقلين 545 ، و70 شهيدًا، تليها جامعة القاهرة التي وصل عدد المعتقلين منها إلى 140 فضلاً عن 21 شهيد، وفي المركز الثالث تأتي جامعة المنصورة والتي وصل عدد المعتقلين بها إلى 149 بالإضافة إلى 3 شهداء.
وأضاف الإحصائية أن من بين 176 شهيدًا تم قتل 16 حالة منهم داخل أسوار الجامعة على يد الداخلة، فيما تم قتل 5 أثناء فترة الاعتقال، فيما وصل عدد الأحكام الصادرة في حق من تعرضوا للمحاكمة إلى 594 سنة.