طالب محمد غنيم، عضو لجنة الخمسين لتعديل الدستور، بأن ينص الدستور الجديد على أن تخضع الأنشطة الاقتصادية للقوات المسلحة للقوانين العادية، وتفرض ضرائب علي أرباحها. وقال غنيم في تصريح إلى موقع "أصوات مصرية" اليوم، التابع لوكالة "رويترز": "يملك الجيش كثيرا من الأنشطة الاقتصادية العادية التي ليس لها علاقة بالأمن القومي، مثل مصانع المكرونة والأجهزة المنزلية وغيرها، ومطلوب معرفة أوجه إنفاق هذه المشروعات، وما إذا كانت تحقق أرباح أو خسائر". وتابع غنيم" "نحن نفرق في هذا الأمر بين العمل العسكري، الذي يتعلق بالأمن القومي بشكل مباشر، الذي له قوانينه العسكرية التي تنظمه، وبين النشاط الاقتصادي العادي". ويقدر خبراء أن الجيش يسيطر على نحو ثلث الاقتصاد المصري، ويمتلك عدد كبير من المصانع التي تنتج الذخيرة وانتهاء بقدور الطهي وطفايات الحريق وأدوات المائدة. ويدير الجيش أيضا بنوكا وعمليات سياحية ومزارع ومحطات لمعالجة المياه وسلسلة من محطات البنزين وشركات مقاولات وشركات استيراد. وقال اللواء محمود نصر مساعد وزير الدفاع للشؤون المالية إن الجيش أعطى الدولة 12 مليار جنيه مصري أوائل عام 2011 الذي شهد قيام الثورة وما تبعها من تدهور للأوضاع الاقتصادية. وأضاف نصر، في مقابلة سابقة مع وكالة رويترز للأنباء، "القوات المسلحة لن تسمح لأحد بأن يقترب من هذه المشروعات ومن يتعرض لها يتعرض للأمن القومي". من جهة أخرى، قال غنيم حول طريقة اختيار وزير الدفاع في الدستور الجديد: "يمكن النص في الدستور على أخذ رئيس الوزراء رأي المجلس الأعلى للقوات المسلحة قبل تحديد اسم الوزير". فيما يعطي مشروع القانون المقدم من لجنة الخبراء، المجلس الأعلى للقوات المسلحة حق اختيار وزير الدفاع، على أن يصدر قرار من رئيس الجمهورية لاعتماد هذا الاختيار.
وشدد على ضرورة أن يكون تحويل المدنين للقضاء العسكري، مشروط بتعديهم علي المنشآت العسكرية فقط، أو أفراد الجيش أثناء تأدية عملهم، وأن تعطى النيابة العامة حق تحويل المتهمين للقضاء العادي أو العسكري. وأثارت المواد المتعلقة بالقوات المسلحة جدلا كبيرا داخل لجنة نظام الحكم، خاصة طريقة تعيين وزير الدفاع، وتحويل المدنيين للمحاكمات العسكرية، وشكل إدراج ميزانية الجيش ضمن الموازنة العامة للدولة. وشكل عمرو موسى، رئيس لجنة الخمسين، لجنة مصغرة برئاسة العضو عبد الجليل مصطفى، وبمشاركة ممثلي الجيش في اللجنة، لمناقشة مواد القوات المسلحة في الدستور.