تصاعدت أسهم الدكتور عبد المعطي بيومي عميد كلية أصول الدين السابق وعضو اللجنة الدينية بمجلس الشعب لتولي كرسي وزارة الأوقاف بدلاً من الدكتور محمود حمدي زقزوق ورجحت مصادر مطلعة بالوزارة أن يتولى عبد المعطي الوزارة خلفاً للدكتور زقزوق نظراً لأنه يحظى بتأييد واسع النطاق داخل النخبة المتنفذة في النظام الحاكم لأرائه التي يعتبرونها أكثر تحررا في مسائل بالفقه الإسلامي ? التي بلغت حد طلبه بإلغائه . و قالت المصادر إن زقزوق شأنه شأن شيخ الأزهر قد بات عبئا على النظام ? بعد فشله في إدارة الأزمات التي خلفتها بعض قررارته ? تصريحاته المثيرة للجدل ? في وقت يبحث فيه النظام عن وجوه جديدة تكون أكثر قبولا لدى الرأي العام الذي أغضبته مواقف المؤسسة الدينية الرسمية المصرية ? على رأسها الأزهر ? وزارة الأوقاف غير أن مصادر أخرى قربة من مكتب زقزوق استبعدت أن يسند المنصب إلى عبد المعطي بيومي ? عزت ذلك إلى أنه قد يثير غضب المراجع والمؤسسات الإسلامية في مصر نظراً لآراء الدكتور بيومي التي تتهم بالتجاوز في الفقه الإٍسلامي وكذلك آرائه داخل مجمع البحوث وعلي رأسها مقترحه الخاص بعدم رفض المجمع لأي كتاب حتى ولو كان يسئ للإسلام ويخالف الشريعة صونا لما يعتبره "إبداعا" ? النأي بالأزهر عن تهمة مصادرة حرية وهو ما رفضه الشيخ طنطاوي وأثار حفيظة أعضاء المجمع.