أكدت مصادر مسئولة بوزارة الأوقاف أن الدكتور محمود حمدي زقزوق عبر عن استيائه وغضبه الشديد لتجاهل محافظ الإسكندرية اللواء محمد عبد السلام المحجوب دعوته لافتتاح مسجد الأنفوشي بالإسكندرية والاكتفاء بدعوة شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طن طاوي والدكتور علي جمعة مفتي الديار المصرية فقط. وأوضحت المصادر أن استياء وزير الأوقاف قد زادت حدته عند إبلاغه بأن شيخ الأزهر اشترط لحضوره افتتاح المسجد الذي تم إنشاءه على نفقة الدكتور محمد سعيد الفارس عميد كلية الفنون الجميلة السابق عدم توجيه الدعوة لوزير الأوقاف وهو ما وافق عليه اللواء المحجوب رغم أن وزير الأوقاف هو المسئول الرسمي الأول عن المساجد حسب اختصاصه. جدير بالذكر أن هناك خلافات شديدة تصل إلى حد القطيعة بين الدكتور طنطاوي ووزير الأوقاف لدرجة أن اللقاءات التي تتم بينهما تكون باردة وفاترة ويحاول الطرفان فيها تجنب الآخر إلا إذا فرضت الظروف عليهما اللقاء و ترجع هذه الخلافات إلى انتقادات زقزوق لمستوى خريجي الأزهر وتفضيل وزارته لتعيين خريجي كليات دار العلوم بدلاً منهم ومحاولة زقزوق المتتالية لإنشاء إدارة للفتوى بالوزارة لسحب البساط من لجنة الفتوى التابعة للأزهر علاوة على تأييده لكل من الجمعية الشرعية وجمعية أنصار السنة للعب دور في الساحة الدينية وهو ما ينظر إليه شيخ الأزهر على أنه سحب من رصيده مما أوصل علاقات الطرفين إلى طريق مسدود.