هاجم زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري، جماعة الإخوان المسلمين، موجهًا انتقادات لاذعة إلى مؤسس الجماعة حسن البنا، واصفًا ما ارتكبه من أخطاء بالكوارث المدمرة. وقال الظواهري، في تسجيل صوتي بعنوان "رسائل مختصرة لأمة منتصرة": قصة مصر لم تبدأ في 25 يناير ولم تنتهِ باعتصامات رابعة والنهضة، القصة أقدم من هذا فالقصة بدأت مع حسن البنا الذي انتشل الشباب من الملاهي والخمارات ولكنه مع هذه الإنجازات العظيمة ارتكب أخطاء جسيمة أدت لمفاهيم فاسدة نتجت عنها كوارث مدمرة". وعن الملك فؤاد قال: "لم يكن سوى حاكم فاسد يحكم بمقتضى أول دستور علماني في تاريخ مصر بل وفي تاريخ الدساتير العربية وجاء من بعده على نسقه ولده فاروق الذي بالغ حسن البنا في تأييده فحين تولى الحكم أعلن حسن البنا مبايعة الإخوان له على كتاب الله وسنة رسوله صلى الله عليه وسلم". واستنكر الظواهري وصف حسن البنا للملك فاروق بأنه حامي المصحف وإطلاق لقب أمير المؤمنين عليه واصفًا البنا حينها بالمخادع. وتساءل الظواهري: "فهل تبرأ أتباع حسن البنا من قاتله؟ أم سماه المرشد الثاني لجماعة الإخوان حسن الهضيبي "الملك الكريم"؟ واستمروا في منافقة فاروق ثم تحالفوا مع عبد الناصر ضده ثم انقلب عليهم عبد الناصر وكان من قضاته أنور السادات الذي حكم بالإعدام على فقيه الجماعة المستشار عبد القادر عودة ورفاقه". وأضاف: "تحالفوا مع السادات بعد موت عبد الناصر فأفسح لهم حرية الحركة ولما قتل تحالفوا مع حسني مبارك فساروا في مظاهرة النفاق من مجلس الشعب للقصر الجمهوري ليبايعوه لمدة ثانية وتمتعوا معه بقدر كبير من الحرية في صفقة سيئة لتنفيس غضب الشباب، ثم انقلبوا عليه واصطفوا وراء البرادعي مبعوث العناية الأمريكية ولما قامت الثورة كانوا أول المساومين فتحالفوا فورًا مع المجلس العسكري, متسائلًا هل خاضوا معركة المصحف ضد قاتليهم كما أمرهم شيخهم؟ للأسف لقد تجاهلوا أمره واستمروا في المغالطة ذاتها لأحكام الشرع وحقائق الواقع". وتابع: "إذا كان شيخهم يغالط الحقائق فيصف فاروق بحامي المصحف والدستور المصري بالمتفق مع الإسلام فإن تلاميذه لم يكتفوا بهذا بل تمادوا بعيدا فتبنوا لغة علمانية صريحة تؤكد على الدولة الوطنية وأعلنوا كأي علماني لا ديني أنهم لن يحكموا بالشريعة إلا إذا حكم عليهم أغلب المصوتين بذلك وأنهم ملتزمون بكل الاتفاقات مع أمريكا وإسرائيل وعلى هذا خاضوا انتخابات ما بعد الثورة التي أدت لفوز محمد مرسي برئاسة الجمهورية". وحول الرئيس المعزول محمد مرسي، قال الظواهري: "غالطوا أنفسهم مرة أخرى وظنوا أنهم حققوا ما كانوا يتمنونه طوال عمرهم ومحمد مرسي في التوصيف الشرعي ليس إلا حاكما علمانيا لا فرق بينه في ذلك وبين حسني مبارك وهو يقر مثله بالشرعية الدولية واتفاقات الاستسلام مع إسرائيل والشراكة مع الولاياتالمتحدة, لافتا إلى أن الإخوان منذ سقوط حسني مبارك حتى عزل محمد مرسي لم يتخذوا أي إجراء جدي لإزالة دولة الفساد والتمكين للنظام الإسلامي الجديد.