تم بناؤه عام 1329 هجرية الموافق 1911م، ويقع فى مواجهة مسجد السلطان حسن، على يسار الطريق إلى القلعة، فى مكان كانت تشغل جزءًا منه زاوية الرفاعى، وفى سنة 1286 هجرية الموافق 1869م، أمرت المغفور لها الأميرة خوشيار والدة الخديوي إسماعيل بهدم هذه الزاوية والأبنية المجاورة لها بعد أن اشترتها لإقامة مسجد كبير مكانها يلحق به مدفن لها ولسلالتها وضريحان للشيخ على أبى شباك الرفاعى والشيخ عبد الله الأنصاري ممن كانوا مدفونين بالزاوية. وفى سنة 1885م توفيت الأميرة خوشيار، ودفنت فى ضريحها الواقع بالجزء البحري للمسجد، وعندما توفى الخديوي إسماعيل دفن مع والدته. وفى عهد الخديوي عباس الثاني سنة 1905، عهد إلى هرتس باشا مهندس لجنة حفظ الآثار العربية وقتئذ بتكملة المسجد فاتبع تصميم حسين باشا المعمار وأبقى على فكرته الأصلية وهى إنشاء بناء ضخم يتناسب مع ضخامة مسجد السلطان حسن، أما أعمال الزخرفة فقام بتصميمها هرتس باشا واستمر العمل فيه إلى أن تم فى آخر سنة 1911م. ووجهات المسجد شاهقة مرتفعة تحليها صفف عقودها محمولة على أعمدة وتتوجها شرفات مورقة وبهذه الصف من أسفل شبابيك من النحاس تعلوها شبابيك من الجص المفرغ. وروعي فى تصميم الوجهات، التماثل التام على عكس المساجد المملوكية التي كان أغلبها يبنى بدون أن يقيم مهندسوها وزنًا للتماثل بين أجزاء وجهاتها. ولهذا المسجد ثلاثة مداخل أحدها الواقع فى منتصف الوجهة الغربية - الباب الملكي- وهو مدخل مرتفع تكتنفه أعمدة وتغطية قبة ذات مقرنصات جميلة ويكسو جوانبه وأعتابه رخام مختلف الألوان. والمدخلان الآخران يقعان فى الوجهة القبلية ويكتنفها برجان أقيم عليهما مئذنتان بنيتا على طراز المآذن المملوكية. وقد بنى هذا المسجد على رقعة مستطيلة من الأرض خصص الجزء الأوسط منها تقريبًا للصلاة وخصص باقى المساحة للمداخل والمدافن وملحقاتها. والقسم المخصص للصلاة عبارة عن مربع تغطيه قبة ذات مقرنصات جميلة محمولة على أربعة عقود مرتكزة على أربعة أكتاف بأركان كل منها أربعة أعمدة رخامية تيجانها منقوشة ومذهبة، ويحيط بهذه القبة ويغطى باقى مسطح المسجد أسقف خشبية حليت بنقوش مذهبة جميلة كما حليت بواطن العقود بزخارف منوعة. وكسيت الحوائط والأكتاف بالألابستر والرخام المختلف الألوان المحلى بزخارف عربية بديعة، وبوسط الجدار الشرقي محراب كبير كسي بالرخام الملون الدقيق، وإلى جانبه منبر خشبي دقيق الصنع طعمت حشوته بالسن والأبنوس، ونقشت مقرنصات بابه وخوذته بالنقوش المذهبة. ويضاء المسجد بالثريات المصنوعة من النحاس المفرغ بزخارف جميلة وبالمشكوات الزجاجية المشغولة بالمينا والتي صنعت خصيصا له. ومدفون به أيضا الأميرة خوشيار مؤسسة المسجد والخديوي إسماعيل والسلطان حسين كامل والملك فؤاد وغيرهم من أزواج الخديوي إسماعيل وأولاده، ويعلو المقابر مجموعة من التراكيب الرخامية التي صنعت من أفخر أنواع الرخام بدقة متناهية.