في أعقاب ثورتي الخامس والعشرين من يناير 2011 والثلاثين من يونيو 2013 خرجت بعض المحاولات الجاهلة للعبث بتاريخ مصر الثقافي والحضاري ، ساعية لاقتحام المتاحف وسرقة وإحراق مقتنياتها الأثرية دون وعى بهذا الكنز الحضاري الذي لا يمكن تعويضه أو تقديره بثمن. وقفت وزارة الآثار في مواجهة كل تلك المحاولات بتضافر كافة الجهات والأجهزة الأمنية والمشاركات المجتمعية من أجل حماية تراث مصر والذي يعد ملكا للشعب المصري بأكمله، يحتم عليه الواجب حمايته حتى يصل إلى الأجيال القادمة كما تركه لنا الأجداد. ففي يوم 28 من يناير 2011 المعروف بجمعة الغضب تعرض المتحف المصري بالتحرير إلى الاقتحام من قبل مجموعات مجهولة نجحت في سرقة 54 قطعة من مقتنياته الأثرية وتحطيم الفتارين وبعض القطع المعروضة بداخلها، بذلت الآثار أقصى الجهود المتاحة لديها من أجل استعادة ما لم تتم استعادته حتى الآن من مسروقات المتحف، كما عملت في الوقت نفسه على ترميم كل قطعة أثرية تم استعادتها أو العثور عليها بين طرقات المتحف وحديقته، حيث استعادت الآثار 29 قطعة أثرية ويتبقى 25 قطعة مازالت مفقودة. وفي أعقاب حالة الانفلات الأمني التي أعقبت فض اعتصامي ميدان الاتحادية والنهضة، تمكنت مجموعات من أنصار الرئيس المعزول محمد مرسي، من اقتحام متحف ملوي بمحافظة المنيا وسرقة وإحراق وتحطيم مقتنياته الأثرية ، حيث تمت سرقة وتحطيم 1044 قطعة أثرية من إجمالي عدد مقتنيات المتحف والذي بلغ 1089. كما بذلت "الآثار" جهودها لاستعادة القطع الأثرية المسروقة من خلال حصر القطع وإجراء اتصالاتها الدولية مع منظمة اليونسكو لوضع قوائم الحصر وبيانات القطع المسروقة على موقعها الإلكتروني ورفعها على القائمة الحمراء ، كما أبلغت الوزارة الإنتربول الدولي حتى تحكم سيطرتها وتضمن استحالة بيع مقتنيات المتحف المسروقة حول العالم، كما خرجت وزارة الآثار بإعلان بوقف المحاسبة القانونية لأي شخص يرغب في تسليم ما لديه من مسروقات المتحف مع صرف مكافآت مالية، إجراءات فورية اتخذها الوزارة لمواجهة واحدة من بين أزمات المرحلة، أسفرت في النهاية عن استعادة 731 قطعة أثرية من بين إجمالي عدد المسروقات. وفي مواجهة واقعة أخد ثلاثة من الخبراء الألمان لعينات من داخل الحجرة الخامسة أعلى هرم الملك خوفو بغرض تحليلها، في محاولة لتشويه التاريخ المصري القديم والتلاعب بأحداثه لصالح أغراض شخصية وأهداف خاصة، رد مسئولو وزارة الآثار وخبراؤها على ما أشاعه الخبراء الألمان من أقاويل مخالفة للوقائع التاريخية معلنة عدم اعترافها بما توصل له الخبراء من نتائج، متخذه كافة إجراءاتها القانونية ضد الخبراء الألمان والمعمل الذي قام بإجراء عمليات التحاليل، كما أوقفت التعامل مع الجامعة الألمانية التي ينتمي إليها الخبراء، وفي الوقت نفسه اتخذت الآثار كافة الإجراءات اللازمة لمنع حدوث مثل هذه الأعمال من جديد من خلال إعلان قرارها بِشأن منع الزيارات الخاصة عن مختلف المواقع الأثرية على مستوى الجمهورية إلا بموافقة اللجنة الدائمة المختصة والجهات المعنية.