تسبب الخلاف بين وزارتى الاستثمار والمالية حول المناطق الحرة الخاصة بتهديد استثمارات بنحو 5.2 مليار دولار، في وقت يحتاج الاقتصاد فيه للعملة الصعبة. وتم إلغاء المناطق الحرة الخاصة من قانون الاستثمار رقم 17 لسنة 2015، وهناك أزمة حقيقة للمناطق بخلاف أزمتها مع المادة 32 التي تقضى بفرض ضرائب على المادة الخام التي يتم شراؤها من السوق المصرى للمناطق الحرة. ويبلغ عدد المناطق الحرة الخاصة بمصر، 223 منطقة يعمل بها نحو 73.6 ألف عامل مصرى و1300 أجنبى، وتبلغ الاستثمارات المباشرة فيها 5.2 مليار دولار، وتبلغ تكاليف المشروعات الاستثمارية 10.6 مليار دولار. وتسعى هيئة الاستثمار للاتفاق مع الجمارك على إنهاء االازمة وتم الاتفاق على بروتوكول بينهما. وسبق وأعلن وزير الاستثمار اشرف سالمان عن تعديلات في القانون لم تتم حتى الآن منها إضافة كلمتى محددة الوجهة بالنسبة لبضائع الترانزيت، حتى لا يفرض ضريبة عليها، بمعنى أن البضائع الترانزيت، التي تصل المناطق الحرة المحددة الوجهة لن تفرض عليها ضريبة، أما التي تخزن تفرض الضريبة عليها، والتعديل الثانى هو تعديل المادة 32، وإضافة كلمة من الداخل لها لمنع الازدواج الضريبى والشروط تتعلق بوضع قيمة مضافة، أما التعديل الثالث فيتعلق بتفويض رئيس الوزراء في تخصيص الأراضى الحدودية بدلا من تفويض رئيس الجمهورية، والتعديل الرابع يتعلق بالمناطق الحرة الخاصة التي لم يتضمنها القانون بسبب السرعة.