استنكر مشروع مصر رائدة التنوير، الهادف لمواجهة الفكر المتطرف وتجديد الخطاب الديني، ما اعتبره أفكارًا متشددة تتضمنها مناهج الأزهر. وأوضح سامح عيد، العضو بالمشروع، إن المناهج بها أفكار تصب في نفس اتجاه أفكار الإخوان، مشيرًا إلى أن الأزهر يعترف بالخلافة الإسلامية والدولة الدينية. ولفت في تصريحات خاصة ل"البوابة نيوز" إلى أن المناهج الأزهرية في حاجة إلى تعديل كلي، مشيرًا إلى أنه لا يمكن أن يتم تركها بالشكل الذي تتواجد عليه الآن، ولفت إلى أن الأزهر يقدم هذه المناهج للقادمين إليه للدراسة من غير المصريين، وبذلك يتزايد الخطر أكثر. وشدد على أن تشابه أفكار الأزهر مع الإخوان هو ما سهل عملية اختراقه من قبل الجماعة خلال فترة السبعينيات، واستقطاب أساتذة جامعة فيها.