هناك عدة ملاحظات بعضها سلبي والآخر إيجابي علي مشروع اللائحة التنفيذية لقانون ضريبة الدخل رقم 91 لسنة 2005 اهمها أنها جاءت بأحكام تيسر من العمل بالقانون وأعطت أمثلة في بعض المواضع التي تحتاج إلي ذلك ومن الأحكام التي جاءت لتحل بعض المشاكل وتحسب لصالح اللائحة ما يلي: في المادة (5) من اللائحة تم قصر احتساب نسبة القروض إلي حقوق الملكية في حالة وجود الخسائر المرحلة علي خصمها من الأرباح المرحلة والاحتياطيات فقط ولا تتعداها إلي رأس المال وبالتالي يكون رأس المال هو الحد الأدني مما يحد من مشاكل التطبيق بالنسبة للشركات التي تكون فيها حقوق الملكية بالسالب. وفي المادة (6) تم معالجة مشكلة تطبيق القانون علي الشركات ذات السنوات المتداخلة بحيث جعل التطبيق للقانون الجديد يطبق علي الفترات الضريبية التي تبدأ بعد 1/1/2005. تم النص علي اعتماد المصروفات التي جري العرف علي عدم تأييدها بالمستندات بحد أقصي 4% من اجمالي المصروفات المؤيدة بمستندات. تم احالة طرق تحديد السعر المحايد إلي الطرق الواردة بنموذج منظمة التعاون الاقتصادي الأوروبي لسنة 1995. تم اتاحة تقديم الاقرار وكذلك سداد الضريبة بالوسائل الآلية والالكترونية. جاءت المادة 129 بحكم يحدد الاخطاء المادية والحسابية التي تلتزم المصلحة بتصحيحها من تلقاء نفسها مما يقلل من عدد الحالات التي تحال إلي اللجان الداخلية ولجان الطعن. ولنا ملاحظات علي بعض المواد فلم تتضمن اللائحة تحديد المأمورية المختصة بالنشاط التجاري والمهني بالنسبة للأشخاص الطبيعيين. وفي المادة السادسة من قانون الاصدار لم تتضمن اللائحة نصا يجعل من الممكن للممول الذي يتصالح ان يطبق المقاصة علي المبالغ المسددة بالزيادة مع المبالغ المستحقة عن سنوات تالية أو سابقة حيث ان النص يحد من حالات التصالح وفي حالة النص علي المقاصة سيتحقق الغرض وسيتم التصالح في حالات كثيرة. كما يجب ان تتضمن اللائحة نصا يتناول القضايا التي صدر فيها أحكام قبل أول اكتوبر 2004 وتم الطعن فيها بعد هذا التاريخ حيث ان بعض المأموريات تري عدم امكانية تطبيق المادة السادسة من القانون علي تلك الحالات. كما يجب ان تذكر اللائحة تعريفا للمبالغ المتناز عليها هل هي المذكورة في مذكرة الدعوي أم هي الفرق بين وجهة نظر المصلحة ووجهة نظر الممول وخاصة في حالات التقدير النسبي للأرباح. ايضا تضمنت المادة الخامسة طريق احتساب متوسط حقوق الملكية ومتوسط القروض ونري ان الطريقة المكورة لا تحقق العدالة في حالات كثيرة خاصة في سنة الحصول علي القرض حيث لا يوجد رصيد أول المدة وكذلك في سنة تمام سداد القرض حيث لا يوجد رصيد آخر المدة وايضا في حالة الحصول علي قرض وسداده خلال نفس السنة أي عدم وجود رصيد للقرض في أول المدة في أول المدة أو في آخر المدة، ونقترح ان يكون الحساب بتجميع رصيد القرض أول كل شهر والقسمة علي 12. وفي نهاية المادة (8) يفضل تحديد نسب الربح التقديرية التي تطبق علي المنشأة الدائمة بالنسبة للأنشطة التقديرية في حالة عدم امساك دفاتر منتظمة. ولكن في المادة (9) من اللائحة تم تحديد مفهوم مركز الادارة الفعلي ونحن نري أن التعريف قد توسع في المفهوم بالشكل الذي يخرج به من مركز الادارة الفعلي حيث ان النص أعتبر مكان اقامة أعضاء مجلس الادارة أو المساهمين علي انه مركز الادارة الفعلي ونحن نري انه ليس هناك علاقة بين مركز الادارة الفعلي وبين محل اقامة أعضاء مجلس الادارة والمساهمين. والمادة (18) حددت النسب من المزايا العينية التي تخضع للضريبة وبالرغم من تناول سيارات الشركة لم يتم تناول بدلات الانتقال التي تمنح للعاملين والتي تماثل تكاليف سيارات الشركة، كما اننا نري استبعاد نسبة ال 20% من الخضوع نظرا لما يكتنف تطبيقه من صعوبات في التطبيق في الكثير من الحالات وخاصة صعوبة تحديد ما يخص كل من العاملين من تلك الميزة فضلا عن ان بعض سيارات الشركة تستخدم في أغراض أعمال الشركة ولا تعد ميزة للعاملين. أما المادة (18) بند 5 والذي يتضمن معاملة المزايا في صورة أسهم الشركة وتم النص علي اخضاع الفرق بين القيمة السوقية للسهم والقيمة المدفوعة وكان من الافضل النص علي ان الميزة هي ما تتكبده الشركة المقيمة في مصر من تكاليف عند إعطاء تلك الميزة للعاملين لديها، وذلك لتجنب الخلاف علي تعريف القيمة السوقية للسهم خاصة أن معظم تلك الأسهم يتم التعامل عليها في الخارج، بالاضافة إلي تجنب الخلاف حول تحديد الواقعة المنشأة للضريبة وهل هو مجرد زوال القيود أم الانتقال الفعلي لملكية الأسهم.