حذَّرت جامعة النيل من عدم تنفيذ مدينة زويل حكم المحكمة الإدارية العليا باسترداد مبانيها، معربة عن دهشتها إزاء ردود الأفعال التي صدرت من متحدثين باسم مدينة زويل تجاه حكم المحكمة الإدارية العليا النهائي والبات والذي قضى بعودة جميع أراضى ومباني جامعة النيل إليها. وأكدت الجامعة -في بيان لها- أن الحكم ينصف جامعة النيل ويعيد الحق لأهله ولا علاقة له بما يقال من أن تنفيذه يهدد بكارثة قومية أو غيره وتساءلت: متى كان الالتزام بالقانون وأحكام القضاء يشكل كوارث قومية؟. كما أكدت الجامعة أن عدم تنفيذ أحكام القضاء أمر لا يرتضيه العلماء الأفاضل في مجلس أمناء مدينة زويل. وقالت الجامعة إنها حذرت المسئولين عن مدينة زويل مرارًا من أي عبث بالتجهيزات والمعامل التي أنشئت خصيصًا لطلاب وباحثين جامعة النيل الموجودة بداخل المباني والمثبتة في محاضر رسمية. كما نبهت الجامعة إلى عدم قانونية ما يقوم به مسئولين محسوبين عليه، وأن الحديث عن أي تعاون مستقبلي بين جامعة النيل ومشروع مدينة زويل لا يجوز أن يكون عائقًا أو سببًا في عدم تنفيذ حكم قضائي نهائي بات واجب التنفيذ فورًا. وتهيب جامعة النيل بالسادة الذين يقولون أن جامعة النيل جامعة خاصة بها عدد محدود من الطلاب أن يعودوا إلى ضمائرهم وأن يتقوا الله في أقوالهم فجامعة النيل أُنشئت من اللحظة الأولى من مؤسسة ذات نفع عام وتم النص في قانون إنشائها أنها لا تهدف للربح اختلافا عن باقي الجامعات الخاصة المصرية فهي جامعة أهلية منذ نشأتها و أقر حكم الإدارية العليا بأحقيتها أن تكون جامعة أهلية. أوضحت الجامعة أن الذي أعاقها عن تطبيق خطتها الرامية إلى التوسع تدريجيا في نشاطها والوصول بطلابها إلى خمسة آلاف طالب هو الظلم والعدوان الذي تعرضت له الجامعة في العاميين الماضيين ولا شيء سواه والمتمثل في الاستيلاء على كد وعرق وجهد أبنائها في إنشاء هذا الصرح التعليمي المتميز. حيا بيان جامعة النيل طلابها وباحثيها وعمالها وأولياء الأموروالأساتذة الذين سجلوا موقفا أسطوريا في الدفاع عن جامعتهم بل والاعتصام لأكثر من 200 يوم وهو موقف غير مسبوق في تاريخ التعليم العالي في مصر والعالم.أضافت الجامعة أن مجلس أمنائها سبق وأن أصدر بيانًا شاملًا يطالب فيها الجهات المسئولة بسرعة اتخاذ إجراءات التنفيذ وعدم المماطلة إذ يكفى ما ضاع على الطلبة والباحثين بل وما ضاع على الدكتور زويل نفسه وضاع على البحث العلمي الذي يمثل أمنًا قوميًا لمصر وشعبها ونتمنى ألا تتكرر هذه الأخطاء التي ارتكبت في حق جامعة النيل مرة أخرى.