في الوقت الذى أعلنت فيه جامعة زويل عن تقدم أكثر من 200طالب للقبول فى أولى دفعاتها الدراسية حذر مجلس أمناء جامعة النيل من استغلال صور الجامعة فى إعلانات مدينة زويل لحين الفصل فى النزاع القائم بينهما قضائيا . واشار مجلس أمناء الجامعة فى بيان له اليوم أنه تواتر بشكل مكثف فى الآونة الأخيرة إعلانات عن بدأ قبول طلاب فى جامعة زويل وتحث كذلك الأشخاص الاعتبارية والمعنوية والبنوك والأفراد علي التبرع لمشروع مدينه علميه وحيث أن جميع هذه الإعلانات تظهر جلياً في خلفيتها المباني الخاصة بجامعه النيل بمدينة الشيخ زايد باعتبارها تخص المدينة العلمية الجديدة فإن جامعة النيل تعلن أن هذه الأرض المقامة عليها هذه المبانى سبق تخصيصها لجامعة النيل بقرارات حكومية من الجهات المعنية و أن المبانى أٌنشئت خصيصاً لخدمة الجامعة والتى أشرفت على تصميماتها ومتابعة إنشاءها ومولت تجهيزاتها من تبرعات خصصت للجامعة وباشرت قسطاً من نشاطها داخل هذه المبانى فضلاً عن أن لها أصول داخل هذه المباني.
وأوضح بيان مجلس أمناء النيل إلى أن الأمر برمته معروض حالياً في عدد من الدعاوي أمام القضاء الإدارى لإثبات حق جامعه النيل وحدها في هذه الأراضى والمبانى ومنع الغير من استخدامها مشيرا إلى أن محكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة أصدرت حكما فى 18 نوفمبر 2012 بأحقية جامعة النيل فى مبنى بهذا المقر، وطعن الدكتور زويل والحكومة على الحكم أمام المحكمة الإدارية العليا ، كما طعنت جامعة النيل أيضا لإثبات أحقيتها فى كامل الأرض والمبانى، فأحالت المحكمة القضية إلى هيئة المفوضين التى أوصت فى تقاريرها بالحكم بأحقية جامعة النيل فى كامل الأراضى والمبانى والتجهيزات والمعامل والأموال، وأكدت سلامة الموقف القانونى لجامعة النيل منذ نشأتها وحقها فى التحول إلى جامعة أهلية، كما أوصت هيئة المفوضين برفض الطعون المقدمة من مدينة زويل ومن الحكومة، وينتظر الجميع حكم محكمة الإدارية العليا يوم 24 أبريل. وجدير بالذكر أن الحكم الصادر لصالح جامعة النيل بتاريخ 18 نوفمبر 2012 واجب النفاذ وأن الطعن فيه لا يوقف التنفيذ ورغم ذلك فإن مدينة زويل والحكومة امتنعتا عن تنفيذ هذا الحكم.
وقالت الجامعة فى بيانها " أنه ليس من حق الغير أيً كانت صفته استعمال الأراضى والمبانى السابق تخصيصها لجامعه النيل أو استغلالها فى إعلانات بغرض جذب تبرعات لمشروع أخر أو قبول طلاب فى جامعة أخرى . وتعرب جامعة النيل عن اعتقادها بأن إثارة مثل هذا الأمر على المواقع الصحفية والإعلامية مجددا المقصود به هو التأثير فى سير العدالة، وتضليل الرأى العام بدعوة أولياء الأمور والطلبة للالتحاق بها لرغبتها فى بدء الدراسة بمقر الجامعة المتنازع عليه والذى لم يتم حسمه بعد، وأولى بمدينة زويل أن تنتظر على الأقل حكم المحكمة الإدارية العليا والمقرر له 24 أبريل.