اتهم رئيس لجنة مكافحة الإرهاب السابق ريتشارد كلارك، قطر بالتورط وتحمل جانب كبير من المسئولية عن هجمات "11 سبتمبر وغيرها من الهجمات الإرهابية الكبرى. ونشر رئيس لجنة مكافحة الإرهابي خلال فترة رئاسة كلا من بيل كلينتون، وجورج دبليو بوش، مقالا في صحيفة "نيويورك ديلي نيوز" الأمريكية بحسب «سبوتنيك»، تحدث فيه عما وصفه ب"إيواء قطر لواحد من أخطر الإرهابيين في العالم، وحمايته وحرمان أجهزة الأمن الأمريكية من القبض عليه". وروى كلارك قصة تكشف ما وصفه بعدم ثقة الأجهزة الأمنية الأمريكيةبالقطريين، وشكوكهم الكبرى بعلاقاتهم مع جماعات وقيادات إرهابية، في مقال عنونه ب"طالما عرفنا أن قطر مشكلة". وقال المسئول الأمريكي: الحقيقة الواضحة أن قطر وفرت فعليا ملاذا لقادة وجماعات إرهابية، وهذا الأمر ليس جديدا بل هو مستمر منذ 20 عاما، وتابع قائلا "أحد أبرز من قدمت لهم الدوحة الحماية، هو العقل المدبر لهجمات 11 سبتمبر، خالد شيخ محمد". ومضى قائلا "أدركت الأجهزة الأمنية خطوة خالد شيخ محمد عام 1993، بعد ارتباط اسمه بعملية تفجير شاحنة بالقرب من مركز التجارة العالمي، وعرفنا أنه فعليا لديه قدرات واسعة على ترتيب عمليات إرهابية كبيرة، وله قدرات أقوى بكثير من أسامة بن لادن". واستطرد قائلا "عام 1996، بدأت الأجهزة الأمنية ملاحقته بصورة كبيرة، بسبب عمليتين إرهابيتين، واعتبرناه أخطر إرهابي طليق على وجه الأرض، ووضعت الاستخبارات المركزية الأمريكية (سي آي أيه) تحديد مكانه أولوية قصوى لديها حتى أهم من تحديد موقع أسامة بن لادن نفسه". وتحدث كلارك عن دور قطر في الأمر، حيث اكتشفت الاستخبارات وجوده في قطر، وحصوله من الحكومة القطرية على وظيفة "صورية"، بحسب قوله، في هيئة المياه القطرية. وأشار إلى أن اللجنة الأمنية لمكافحة الإرهاب، التي كان يترأسها تسلمت المهمة، والتواصل مع الحكومة القطرية للقبض عليه. وأضاف قائلا "كانت هناك قناعة كبيرة لجميع أعضاء اللجنة أنه لا يمكن الوثوق بقطر للقبض على خالد شيخ محمد وتسليمه لأجهزة الأمن الأمريكية". وعلل ذلك قائلا "لدى القطريين تعاطف تاريخي مع الإرهابيين، خاصة أحد الوزراء وهو فرد من العائلة الحاكمة، له علاقات قوية بتنظيمات القاعدة وهو ما من كان يرعى ويحمي خالد شيخ محمد".