اعتاد مفتي الديار المصرية السابق على جمعة إطلاق فتاوى أثارت الكثير منها الجدل بين الرأي العام، وتناولها الكثير بالانتقاد، فيما حاول البعض استغلالها بشكل سلبي وتفسيرها بخياله وهدفه المريض، كما وصفهم الشيخ، فيما يلي استعراض للفتاوى التي أثارت الجدل. التدخين لا ينقض الوضوء كان أبرزهم، فتوى "السجائر لا تبطل الوضوء"، فقد أكد جمعة أن السجائر والأفيون أشياء طاهرة ولا ينقض الوضوء ولكنها حرام، موضحًا أنه يفضل "المضمضة" بالماء وكفى للتخلص منهم. وقال "جمعة" في لقائه ببرنامج "والله أعلم" المذاع على قناة "cbc" في ديسمبر 2015: إن حرمانية التدخين ليس لها علاقة بنقض الوضوء، وأضاف: "الإنسان الذي يكذب ويغتاب الناس إذا صلى فصلاته صحيحة لا أمر فيها، والذي يشرب السجائر صلاته صحيحة لا مشكلة فيها أيضا". الاتصال بالزوجة وكذلك أثارت فتوى الاتصال بالزوجة قبل دخول المنزل تحسبا لوجود رجل معها جدلا واسعا، حيث قال "جمعة": إن ذلك من أوامر الرسول. ظهرت الفتوى عبر تسجيل صوتي تداوله رواد التواصل الاجتماعي في أغسطس 2014، يقول فيه إنه على الرجل أن يتساهل مع زوجته، مضيفًا: «قبل ما تروح بيتك اتصل بمراتك وقول لها إنك جاي لعل معها رجل فأعطه فرصة ليمشي»، متابعا: «إذا عاش رجل مع زوجته وهو لا يعلم أنها على علاقة برجل، وتشكك فقضى على الشك في نفسه، فلا بأس، والنبي صلي الله عليه وسلم، كان يأمرنا بذلك». الفتوى السابقة دفعت المفتي السابق إلى التعليق قائلًا: «هناك من استغل رواية داخل هذا الدرس، ووضع لها عنوانًا يخدم هدفه المريض، وروج لها بشكل يوحي بالدياثة»، وأكد «جمعة» أن رسول الله صلى الله عليه وسلم أمرنا إذا كنا في غياب، أي في سفر، أن نخبر أهلنا وأن ننزل المسجد أولا، حتى تتزين المرأة لزوجها وتستعد لاستقباله، كما قال رسول الله في نهاية حديث مما رواه البخاري «أمهلوا حتى تدخلوا ليلا أي عشاء لكي تمتشط الشعثة وتستحد المغيبة»، ورويت في هذا الدرس المشهور على «يوتيوب» أنه قد عصى أحدهم كلام رسول الله في زمنه، وذهب إلى بيته فجأة فوجد عندها رجل، فالعقوبة كانت قاسية لأنه عصى كلام رسول الله ولم ينتظر. "أبوعيون جريئة" للرسول كما أدهش المفتي رواد التواصل، عندما تحدث مفتي الديار المصرية السابق، في أواخر شهر أغسطس لعام 2014، عن فتاوى تحريم الغناء والموسيقى، في برنامجه "الله اعلم"، المذاع يوميًا على قناة "سي بي سي" أن أغنية "أبو عيون جريئة" غناها الفنان الراحل عبد الحليم حافظ للرسول. بقوله: "الفنان الراحل عبد الحليم حافظ غنى أبوعيون جريئة؛ لمدح الرسول محمد عليه الصلاة والسلام"، مضيفًا أن عبدالحليم حافظ كان مؤمنًا، وكان يحب النبي". الزواج العرفي حلال ومن الفتاوى المثيرة للجدل التي أطلقها الدكتور على جمعة خلال برنامجه "الله أعلم"، المذاع يوميًا على قناة "سي بي سي"، في أغسطس 2014، تحليله للزواج العرفي، حيث قال: إن الزواج بدون ورقة ومأذون حلال وجائز شرعًا، إذا تحققت فيه أركان الزواج، وكان للزوجة ولي وهناك قبول وإيجاب، بقوله: "إذا كانت الزوجة بالغة راشدة، فلها الحق أن تزوج نفسها، فالزواج يصبح صحيحًا بدون أوراق، طالما حضر اثنان من الشهود، وعملوا على الإشهار". جواز الإفطار في المصايف وفي يونيو 2014، وخلال برنامج "الله أعلم" المذاع على ال سي بي سي، أفتى على جمعة بجواز إفطار المسافر في المصايف والرحلات، على أن يتوب إلى الله بعدها، موضحا أن المعصية المرتبطة بالسفر للمصايف لا تؤثر على حقهم في رخصة الإفطار للمسافر، لأن الرخصة لا تناط بالمعصية على حسب القاعدة الشرعية. النقاب مجرد عادة كما أطلق جمعة خلال ظهوره في أحد البرامج على قناة "اقرأ"، عام 2010 فتوى قال فيها: إن الأئمة الأربعة أكدوا فرضية النقاب، لذا يجب على المرأة أن تغطي وجهها، خاصةً لو أنها شديدة الجمال، بقوله: "إن المرأة تتهم في دينها، في حالة عدم ارتدائها النقاب، فلابد أن ترتديه"، مؤكدًا أنها عادة جاهلية ومن يقول غير ذلك فهو "محض خرافة". وعقب تنصيبه كمفتي للديار المصرية، أكد خلال ظهوره على التليفزيون المصري أن النقاب مجرد عادة، فليس فرضا على المرأة ارتداؤه ، مشيرًا إلى أن وجه المرأة ليس "عورة " كي تداريه. ترقيع غشاء البكارة وأفتى الدكتور علي جمعة خلال لقاء تليفزيوني مع برنامج "البيت بيتك"، بتاريخ 13 فبراير 2007، حينما كان مفتي الجمهورية آنذاك، بجواز إجراء عملية "ترقيع غشاء البكارة" للفتيات اللاتي فقدن عذريتهن لأي سبب كان، قبل الإقدام على الزواج، مؤكدا أنه "أمر مباح". وقال: "الدين الإسلامي يدعو إلى الستر، وإذا كان إجراء الفتاة التي فقدت عذريتها لأي سبب كان لعملية ترقيع غشاء البكارة سيؤدي إلى سترها، فإن الإسلام يبيح ذلك". وأضاف: "على تلك الفتاة ألا تخبر خطيبها بأنها فقدت عذريتها، كما أن الأمر ينطبق كذلك على المرأة الزانية، حيث لا يجوز لها أن تخبر زوجها بأنها ارتكبت جريمة الزنا"، موضحًا أن هذا يأتي في إطار الحفاظ على وحدة الأسرة، وبهدف مساعدة الفتيات المخطئات على التوبة والزواج، ولا يعد من قبيل الغش والخداع. يذكر أن "على جمعة" تعرض لمحاولة اغتيال فاشلة من قبل مجهولين أطلقوا النار عليه أثناء توجهه لأداء صلاة الجمعة بمسجد فاضل "غرب مدينة 6 أكتوبر"، وأصيب الحارس الخاص بإصابات طفيفة في القدم.
