رصدت مؤسسة ماعت للسلام والتنمية وحقوق الإنسان، معاناة مواطني الوادي الجديد من عدم إتاحة الخدمات الصحية، وتدني مستوى جودتها، ونقص التخصصات الطبية والتجهيزات الضرورية بمستشفيات المحافظة، بالرغم من وجود وحدات صحية بمعظم القرى النائية، إلا أنها خالية من الأطباء والأجهزة الطبية على حد سواء. أما قرى درب الأربعين، بمركز باريس، فالوحدات الصحية دون أطباء، ويتحمل معظم الأهالي نفقات باهظة، لنقل المرضى إلى مستشفى باريس المركزي، والذي يعاني بدوره من عدم وجود التجهيزات والكوادر الطبية، وبناءً عليه يتم تحويل المرضى إلى مستشفى الخارجة العام، والذي يقوم بتحويل المرضى إلى مستشفيات أسيوط. كما تعاني مستشفى بلاط المركزي بالداخلة أيضا، من عدم وجود أجهزة طبية، علما أن طبيب ممارس عام واحد يعمل بالمستشفى ويقوم بتحويل المرضى إلى مستشفى الداخلة المركزي، والذي يبعد 40 كيلو عن مركز بلاط، ونظرا لعدم وجود تخصصات طبية تقوم مستشفى الداخلة بتحويل المرضى إلى مستشفى أسيوط. بينما الوحدات الصحية والمستشفيات بقرى ومراكز ومدن المحافظة، تعاني من عجز شديد في الكوادر الطبية، وبلغ عجز الأطباء بالمحافظة نحو 400 طبيب. نفس الأمر، بمستشفى الفرافرة المركزي، فأقسام العناية المركزة والأشعة، ومجموعة كبيرة من التخصصات لا يزيد عدد أطباء المستشفى بها عن 8، لكافة التخصصات، عدا قسم الأسنان الذي يضم 10 أطباء، والأجهزة قديمة متهالكة، وقوة العمل بنسبة 15% من قوتها الإدارية والطبية، وتعاني من غياب الخدمات الفنية. كما تعاني المستشفيات من نقص الأمصال والتطعيمات المضادة، لسموم العقارب والثعابين المنتشرة بكثرة، بسبب طبيعة المحافظة الصحراوية، ما أدى إلى ازدياد حالات الوفاة، خاصة الأطفال في القرى البعيدة.