تعاني من منظومة الصحة والمستشفيات الحكومية الموجودة بمحاافظة الوادي الجديد من تدني المستوي الصحي بها، حيث تعاني مستشفى الخارجة العام والتي تم إنشائها عام 1963 في عهد الرئيس الأسبق جمال عبد الناصر الأمرين من الحكومات المتلاحقة ووزارات الصحة بها التي أهلمت المستشفى بطريقة مجحفة . وكان دور المستشفى الرئيسي تحويل الحلات المرضية المستعصية إلى مستشفى أسيوط الجامعي أو إلى مستشفيات القاهرة ، إلى أن قامت حكومة محلب الأولى بتطوير المستشفى بمبلغ إجمالي وقدره 60 مليون جنيه وتم إحضار أحدث الأجهزة الطبية إليها وإفتتاحها الدكتور عادل العدوي وزير الصحة في حكومة محلب الثانية في العام 2014 ، بالإضافة إلى تعاقد مديرية الصحة بالمحافظة مع شركة أمن ونظافة بمبلغ 12 مليون جنيه في السنة الواحدة من أجل حماية المستشفيات والحفاظ على نظافتها . وعلى الرغم من عمليات الصيانة والتطوير الكبيرة التي شهدتها المستشفى إلا أن معاناة أهالي المحافظة لا زالت مستمرة نظراً لنقص الكوادر الطبية وعدم إلتزام بعض الكوادر الحالية في العمل داخل المستشفى وإنشغالهم بعياداتهم الخارجية بالإضافة إلى عزوف الأطباء الجدد عن القدوم للمحافظة لطبيعة جوها الصحراوي ولبعدها عن محافظات وادي النيل . يقول محمد سيد من أبناء مدينة الخارجة إن "المستشفى التي إستغرق تطويرها التسع سنوات أصبحت مجرد محطة " ترانزيت " للمرضي فالأطباء العاملون بالمستشفى إما هم أقل من المستوى المطلوب علمياً لإنغلاقهم على أنفسهم وإما أنهم مشغولون بالعيادات الخاصة بهم فلا يحضرون للمستشفى أو يقومون بتحويل معظم الحالات إلى محافظة أسيوط لدرجة أن سيارات الإسعاف التي تخرج من المحافظة تتعدى العشرون سيارة في اليوم الواحد بالإضافة إلى تخزين جراكن المياه المستخدمة في الغسيل الكلوي بطريقة غير صحية على الإطلاق وهو ما يضر بصحة المواطنين" . ولم تكن مستشفى الداخلة المركزي بحال أفضل من مستشفى الخارجة العام بل على العكس أسوء بكثير فهي تعاني من نقص في الإمكانات والإجهزة الطبية والعجز الشديد في الأطباء والتخصصات الطبية المختلفة فضلًا عن الإهمال الجسيم فى عنابر المرضي والاقسام والعيادات الخاصة بالكشف علي المرضي فأصبحت عنابر حجز المرضي مرتعًا للقطط التي اتخذت من العنابر مقرا دائما لها دون ان يحرك ساكنا من القائمين علي ادارة المستشفي. أما الطامة الكبري فكانت في مستشفى الفرافة المركزي بسبب نقص الخامات والمعدات والأدوات الطبية بها بشكل يجعلها عاجزة عن تقديم خدمة طبية لأهالي مركز الفرافرة فلا توجد أغطية طبية وكالونات، وأحيانا لا يوجد قطن أو حقن طبية، ويضطر في معظم الأحيان أن يقوم المريض بشراء هذه الاحتياجات من الخارج، وأحيانا لا يجدها بسبب طبيعة المركز، حيث يقل عدد الصيدليات بشكل ملحوظ داخل مدينة الفرافرة، خاصة في الساعات المتأخرة من الليل، بالإضافة إلى عدم وجود فنيين متخصصين في التحاليل أو فنيين متخصصين سواء في صيانة الأجهزة الطبية، أو التحاليل الطبية أو الأشعة أو حتى أطباء متخصصين في الأشعة بجميع أنواعها ما يكلف المريض عناء السفر والانتقال لأقرب مستشفى على بعد 300 كيلومتر، خاصة عند الاحتياج لأشعة مقطعية. سيد شاكر أحد أبناء مركز الفرافرة قال للوفد "إن مشكلة نقص الأمصال والتطعيمات المضادة لسموم العقارب والثعابين أدت إلى إزدياد حالات الوفاة خاصة لدى الأطفال الذين تعرضوا للدغات العقارب والثعابين في القرى البعيدة، وهذا إستدعى تحويل معظم الحالات إلى مستشفى الداخلة المركزي على بعد 300 كيلو متر من الفرافرة، أو إلى محافظة القاهرة أو الجيزة عن طريق الواحات البحرية، وهو ما يتسبب في وفاة الحالة نظرا لتأخير تقديم المصل المضاد لها". أما عن الخدمة بالواحدات الصحية الموجودة بالقرى التابعة لمراكز المحافظة فهي غير موجودة على الإطلاق إما بسبب بناء الوحدات الصحية وإغلاقها بعد البناء والتجهيز مباشرة مثلما حدث في قرى الأربعين التابعة لمركز باريس ، أو بسبب عدم وجود أبطاء بالوحدات فيتم الإعتماد على الممرضين أو إسناد أكثر من وحدة طبية إلى طبيب واحد يذهب إليها مرة في الأسبوع . محافظ الوادي الجديد اللواء محمود عشماوي قال "إن القطاع الصحي بالمحافظة لا يعانى من مشكلة بشأن البنية التحتية مطلقًا حيث تضم المحافظة 7 مستشفيات بينها اثنان تخصصي و61 وحدة صحية على مستوى مراكز وقرى المحافظة وإنما المشكلة الأساسية تتمثل فى نقص التخصصات الطبية والكوادر الصحية، وهى المشكلة التى تسعى المحافظة لحلها من خلال استقطاب القوافل الطبية الشاملة وتحمل نفقات انتقالاتها وإقامتها كحل جزئي للمشكلة ، بالإضافة إلى تحويل مبنى ديوان عام المحافظة القديم بشارع جمال عبد الناصر بمدينة الخارجة إلى كلية طب بشري بالتعاون مع جامعة أسيوط حيث أن افتتاح كليه للطب بالوادي الجديد هو الطريق الوحيد لمواجهة العجز الشديد الذي تعاني منه المحافظة التي ينقصها فعليا 400 طبيب لسد العجز في مختلف التخصصات الطبية ولتحسين مستوى الخدمات للمواطنين". وأضاف عشماوي أنه تم الإتفاق مع وزارة الصحة على توفير استشاريين بشكل شهري بحافز مادي مجزي بالإضافة إلى توقيع بروتوكول مع جامعة الأزهر لتنفيذ قافلة طبية شهريا لخدمة أبناء المحافظة بالإضافة إلي التنسيق مع الجيش لتسيير قوافل طبية مماثلة بالمناطق البعيدة مثل الفرافرة.