القضاء على الفساد في الجهاز الإدارى بالدولة، كان إحدى أولويات الرئيس عبدالفتاح السيسي، والتي وضعها نصب عينيه منذ أن تولى رئاسة الجمهورية فسعى إلى تطهير الجهاز الإدارى بالدولة من الفساد والمفسدين أيا كانت مناصبهم. ومن أبرز قضايا الفساد التي تم اكتشافها منذ تولى الرئيس عبدالفتاح السيسي والتي ضبطت من خلال هيئة الرقابة الإدارية بالدولة برئاسة اللواء محمد عرفان قضية فساد وزارة الزراعة التي توجت بالقبض على وزير الزراعة السابق الدكتور صلاح هلال، في ميدان التحرير، بعد دقائق من تقديمه استقالته، التي تمت بناءً على توجيهات الرئيس عبدالفتاح السيسي. ولم تكن تلك القضية الوحيدة التي تم ضبطها فقد ألقى القبض على رجل أعمال ونجله وآخرين على خلفية اتهامات في قضايا فساد مالي، بالإضافة إلى زوجته وعدد من شركائه، ورجل الأعمال محمود الجمال والد زوجة جمال مبارك نجل الرئيس المخلوع حسنى مبارك، على خلفية اتهامهم بالاستيلاء على أراضى الدولة. كما تم التحفظ على أموال رجل الأعمال صلاح دياب وشركائه، عقب عدة بلاغات قدمت ضدهم، وأحيلت البلاغات لقاضى التحقيق في قضية فساد وزارة الزراعة. واتهمت البلاغات دياب والجمال وآخرين، بالحصول على مساحات شاسعة من الأراضى بطريق "القاهرة - الإسكندرية" الصحراوى من الوزارة بأسعار زهيدة وتحويلها إلى منتجعات سياحية، الأمر الذي يمثل استيلاءً على أراضى الدولة، ومنع استخدامها في الأغراض المخصصة من أجله، وذلك بالتواطؤ مع مجلس إدارة هيئة التنمية والمشروعات الزراعية إلا أن محكمة جنايات الجيزة قضت ببراءة صلاح دياب في اتهامه بالتجمهر وإحراز الأسلحة. كما تحدث الرئيس عبد الفتاح السيسي في خطاباته عن إحدى وقائع الفساد داخل مؤسسة الرئاسة، وقال إن الواقعة صحيحة وحدثت منذ أسبوعين تقريبًا، وأضاف أنه كان على علم بها عن طريق أحد المسئولين الكبار داخل مؤسسة الرئاسة، عندما كان يتحدث معه لاحتواء أزمة نقابة الصحفيين. إلا أن الأمر لم يتوقف على هذا بل أثارت قضية عزل المستشار هشام جنينة، رئيس الجهاز المركزى للمحاسبات، وتحويله لنيابة أمن الدولة العليا بتهمة تكدير الأمن العام بعد تصريحه حول تكلفة الفساد في الجهاز الإدارى بالدولة والتي بلغت على حد زعمه 600 مليار جنيه، جدلا واسعا في الشارع المصرى بعد أن تم إعفاؤه من منصبه. ولم تكن هيئة الرقابة الإدارية وحدها هي التي تعمل على مكافحة الفساد بل الجهاز المركزى للمحاسبات والذي كشف عن القضايا المهمة منها مخالفات وزارة الداخلية والتي أثارت جدلا واسعا في الشارع المصرى بعد ما كشف عن رواتب قيادات وزارة الداخلية. وبعض القضايا الأخرى التي أعلنها عنها في وزارة التبرول عندما صرح بأن هناك أكثر من 200 شركة بترول تعمل دون أي جدوى وأن هناك شركات تم إنشاؤها لتعيين عدد من أبناء المسئولين فيها كما فجر عن قضية الحزام الأخضر والتي اتهم فيها بتورط مسئولين في الدولة للاستيلاء على تلك الأرض دون وجه حق، تلك الأرض التي قامت وزارة الإسكان بمصادرة واسترداد جزء منها والتي بلغت 15 ألف فدان ولم تتوقف مشكلة هشام جنينة مع تلك القضايا فقط بل خاض معركة مع وزارة العدل بعدما رفض عدد من المستشارين تطبيق الحد الأقصى للأجور عليهم ورفضهم رقابة الجهاز عليهم كما خاض جنينة معركة مع الداخلية بعدما رفضت رقابة الجهاز وانتصر جنينة عندما وافق وزير الداخلية الحالى اللواء مجدى عبدالغفار وسمح للجهاز الرقابة على الوزارة.
