من أشهر المعارك الفكرية التى دارت فى مطلع القرن العشرين "معركة الإسلام وأصول الحكم" وهى المعركة التى ما زالت بعض آثارها باقية حتى الآن، وقد نشأت هذه المعركة بعد نشر الشيخ على عبدالرازق لكتاب "الإسلام وأصول الحكم" والصادر عام 1925 كمحاولة للشيخ المستنير للوقوف فى وجه دعاة دولة الخلافة المنادين باختيار خليفة جديد للمسلمين بعد سقوط الخليفة العثمانى ومحاولة الملك فؤاد إعلان نفسه خليفة جديد للمسلمين، وقد أثار هذا الكتاب الكثير من الحروب الفكرية حيث هدم أحد الأفكار المقدّسة ألا وهى فكرة "الخلافة" وأوضح كيف استغل أغلب الحكام ما أحاط بلفظ "الخليفة" بهالة قدسية، لأن أول من حمله هو الصحابيّ الجليل أبوبكر الصديق، ليرتكبوا الكثير من الجرائم، ومن جهة أخرى فقد قام الكثير من علماء الأزهر بتأليف الكتب والرسائل للرد على الشيخ على مما أثرى الحياة الفكرية والثفافية لفترة طويلة.