أمرت نيابة أول أكتوبر، برئاسة المستشار أحمد حامد، بحفظ التحقيقات في قضية عقد تزوير "نيوتن مصر"، وذلك عقب ورود التقارير والتحريات التي أثبتت عدم صحة الواقعة. تسلمت نيابة أول أكتوبر، برئاسة المستشار أحمد حامد، تقرير مصلحة الطب الشرعي، والذي أفاد بأن التوقيع الموجود على العقد ليس توقيع رئيس الجامعة، وأن عقود العمل غير صحيحة. أحال النائب العام، المستشار هشام بركات، البلاغ رقم 4001 لسنة 2015، المقدم من الدكتور مصطفى إبراهيم «نيوتن مصر»، ضد رئيس جامعة 6 أكتوبر إلى نيابة أول أكتوبر للتحقيق في واقعة تزوير عقد فصل "نيوتن مصر". ترجع الواقعة عندما تقدم الدكتور مصطفى إبراهيم «نيوتن مصر»، ببلاغ إلى النائب العام، يتهم فيه رئيس جامعة 6 أكتوبر والتأمنيات الاجتماعية بتزوير عقد رسمي، واستخدامه أمام جهة حكومية "التأمينات الاجتماعية"؛ لتتمكن من فصل الدكتور مصطفى إبراهيم بدون مجلس تأديب واستخراج استمارة "6" بدون توقعيه، بحجة أن العقد "المزور" انتهى. وطالب البلاغ بالتحقيق مع رئيس جامعة 6 أكتوبر، والممثل القانوني لوزير التعليم العالي، سيد التونسي محمود، رئيس أمناء جامعة 6 أكتوبر واستدعائهم أمام النيابة لسماع أقوالهم في واقعة تزوير العقد. وقد اتهم الدكتور مصطفى إبراهيم الدكتور أحمد عطية سعدة، رئيس الجامعة، بإخفاء أصل العقد المزور من ملفات أعضاء هيئة التدريس بالجامعة حتى يفلت من العواقب الجنائية للتزوير. وقد أمرت النيابة بعرض الدكتور أحمد عطية، رئيس جامعة 6 أكتوبر، والدكتور مصطفى إبراهيم "نيوتن مصر" على الطب الشرعي، لبيان التوقيعات التي تم توقيعها بالعقد، وكانت نتيجة الطب الشرعي تزوير توقيعات الدكتور مصطفى إبراهيم.