بعد عام واحد من استبدالها بالانتخابات، قرّر المجلس الأعلى للجامعات تعديل معايير لجان اختيار القيادات الجامعية الجديدة ومنح سلطات واسعة لرؤساء الجامعات فى اختيار العمداء الجدد على حساب مجالس الجامعات والكليات. تعديلات المجلس الأعلى للجامعات التى تم تمريرها فى اجتماع المجلس الطارئ لمناقشة أعداد المقبولين فى الجامعات سحبت صلاحية مجالس الجامعات فى اختيار أعضاء لجنة المفاضلة بين المرشحين لمناصب عمداء الكليات لصالح رئيس الجامعة، الذى تم تكليفه فى التشكيل الجديد برئاسة اللجنة بدلًا من أقدم نوابه، مع السماح برئاسة النائب للجنة فقط فى حالة موافقة رئيس الجامعة على ذلك. كما منحت التعديلات الجديدة رئيس الجامعة سلطة إضافية فى الإشراف على اختيار العضوَين الممثلَين للكليات التى يتم اختيار عمداء جدد لها، حيث نص التعديل على رئاسة رئيس الجامعة مجلس الكلية الذى سيتم خلاله اختيار العضوين. مصدر مسؤول بالمجلس الأعلى للجامعات، قال إن «تلك التعديلات جاءت استجابة إلى ملاحظات عدد من رؤساء الجامعات الذين اشتكوا من قيام نوابهم بصناعة تكتلات ضدهم عن طريق الدفع باتجاه اختيار عمداء كليات لا يعملون بروح الفريق الواحد مع رئيس الجامعة»، مشيرًا إلى أنه كان هناك اتفاق على استمرار معيار اختيار القيادات الجامعية بنظام المفاضلة وعدم العودة مرة أخرى إلى نظام التعيين الذى رفضه أكثر من 83% من أعضاء التدريس فى آخر استفتاء أجرى حول نظام اختيار القيادات الجامعية. نظام اختيار القيادات الجامعية الذى تم عن طريقه تغيير أكثر من ثلث القيادات الجامعية التى تم اختيارها بعد ثورة 25 يناير كان قد صدر بقرار جمهورى فى سبتمبر الماضى، حيث تم بموجب ذلك إلغاء نظام انتخاب القيادات الجامعية الذى تم العمل به خلال عامَى 2012 و2013، واستُبدل به نظام يقوم على تشكيل لجان تضم ممثلين عن المجالس الجامعية وأعضاء التدريس وخبراء التعليم العالى بواقع 5 أعضاء فى لجان اختيار العمداء و7 فى لجان اختيار رؤساء الجامعات، وذلك للمفاضلة بين المرشحين المتقدمين لشغل المناصب وَفقًا لمجموعة من المعايير والشروط الأكاديمية والمهنية والإدارية، على أن يتم بعد ذلك ترشيح 3 من المتقدمين لشغل الوظيفة (عمداء الكليات، رؤساء الجامعات) لرئيس الجمهورية، لإصدار قرار بتعيين أحد المرشحين.