تساؤلات عدة فرضها طرح الحكومة "مشروع قانون مكافحة الإرهاب الجديد"، المُعد بواسطة وزارة العدل، وأعلن عن ملامحه وزير العدالة الانتقالية المستشار إبراهيم الهنيدي، خاصة حول جدوى إصدار القانون فى الوقت الراهن، أو الإضافة التي يقدمها بخلاف قانون الكيانات الإرهابية، وحزمة التشريعات القائمة المنظمة للعقوبات. الأفعال والجرائم التي نص عليها مشروع القانون مجرمة بالفعل في عدد من القوانين القائمة والمعمول بها حاليًا، ومنها قانون العقوبات إضافة إلى القانون رقم 8 لسنة 2015 الذي أصدره الرئيس عبد الفتاح السيسى مطلع العام الجاري، والمعروف باسم قانون الكيانات الإرهابية. وفيما يبدو أن مشروع قانون مكافحة الإرهاب يبدو تكرارًا ل"الكيانات الإرهابية"، إلا أن هناك عدد من الاختلافات الجوهرية بين القانونين، وتتمثل في أن قانون الكيانات وضع تعريفات ومفاهيم دون تحديد عقوبات على الأفعال المذكورة في القانون؛ في حين تناول مشروع مكافحة الإرهاب كل الأفعال المذكورة في الكيانات الإرهابية، وحدد لها عقوبات تختلف باختلاف الجرم المرتكب. ويعد قانون مكافحة الإرهاب أعم وأشمل من الكيانات الإرهابية، نظرًا لأنه تضمن كافة التعريفات التي وردت في المادة الأولى من القانون، وأضاف إليها مجموعة من التعريفات كتعريف الجماعة الإرهابية، والجريمة الإرهابية، والأسلحة التقليدية وغير التقليدية، وتعريف العمل الإرهابي، وهي كلها تعريفات لم ترد في الكيانات الإرهابية، إضافة إلى ضعف العقوبات المنصوص عليها في قانون الكيانات، والتي اقتصرت على مجموعة من الإجراءات المترتبة على قرار إدراج المنظمات أو الجماعات أو الأشخاص على قوائم الكيانات الإرهابية. وتتنوع هذه الإجراءات بين الحظر وتجميد الأموال وغلق المقرات وحظر التمويل والانضمام للكيان المدرج على قوائم الكيانات الإرهابية، إضافة إلى سحب جواز السفر أو إلغاؤه بالنسبة للأشخاص المدرجين على قوائم الإرهابيين. بينما تناول مشروع قانون مكافحة الإرهاب وضع عقوبات على الأعمال والجرائم الإرهابية التي تشملها التعريفات المذكورة في القانون في 33 مادة، للدرجة التي تظهر أنه استكمال لمشروع قانون الكيانات الإرهابية من خلال النص على عقوبات خلا منها القانون السابق. وترجح مصادر أن تتجه الحكومة إلى دمج مواد القانونين في قانون واحد، في حال عدم إلغاء قانون الكيانات الإرهابية عند إصدار قانون مكافحة الإرهاب، حتى لا يكون هناك تكرار لمواد القوانين.
