تكاد تسيطر الحسرة على المتابع لشؤون مرفق السكك الحديدية، عندما يعلم أن هيئة سكك حديد مصر تراكمت عليها الديون لصالح بنك الاستثمار القومي بقيمة 20 مليار جنيه، في حين لا يدر دخلا سوى 2.2 مليار جنيه سنويا، ولا تغطي الإيرادات سوى 50% من مجموع مصروفات التشغيل المباشرة في السنة 4.4 مليار جنيه في التشغيل فقط، قبل أن تتم إضافة مصروفات إهلاكات أي من أصول السكك الحديدية إليها. هذا ما كشف عنه وأكده وزير النقل السابق د. جلال السعيد، أثناء كلمته خلال افتتاح عدد من المشروعات بمدينة بدر، قبل نحو عام في 12 مايو 2016، لافتا إلى أن ذلك كان مجال دراسة وتفاوض ما بين الوزارة ورئيس الوزراء م. شريف إسماعيل وبنك الاستثمار القومي. ولفت الرئيس عبد الفتاح السيسي، في تعقيب له على كلمة الوزير السابق يومها، إلى أن طريقة إدارة مرفق السكك الحديدية، خلال السنوات الماضية، وصلت به إلى المستوى الذي نعاني منه، مما اضطرنا للبحث عن موارد لمبالغ ضخمة جدا لكي يستعيد كفاءته، ووجه الرئيس الحكومة مشددا على أنه لو لم يكن لديها تصور كيف يكون تسديد القروض التي تحصل عليها لتلك المرافق من إيرادات المرافق ذاتها، فلن تكون هناك فائدة أو منفعة. وخلال جولة له قبل أيام بمحطة سيدي جابر بالإسكندرية، وجه د. هشام عرفات وزير النقل الحالي، مسؤولي الهيئة بضرورة انتظام جدول التشغيل من حيث قيام ووصول القطارات في مواعيدها المحددة. جدير بالإشارة الموافقة على حصول الهيئة على قرض تقدمه الحكومة الكورية من صندوق التعاون للتنمية الاقتصادية بمبلغ 114 مليونا و978 ألف دولار لتنفيذ مشروع تطوير نظم إشارات السكة الحديد من نجع حمادى إلى الأقصر. وكانت هيئة سكك حديد مصر قد أعلنت في مايو 2015 عن شراء 6 قطارات توربينية جديدة من خلال قرض بقيمة 135 مليون يورو بتمويل من بنك الاستثمار الأوروبي. كما كانت الهيئة قد حصلت على قرض من البنك الدولي للإنشاء والتعمير، في ديسمبر 2010، بقيمة 330 مليون دولار، كتمويل إضافي للحكومة المصرية لتحسين كفاءة وسلامة خدمات السكك الحديدية وإمكانية التعويل عليها من خلال الاستثمار في تحديث نظم الإشارات وتجديد خطوط السكك الحديد، وتحديث ممارسات الهيئة المتصلة بالإدارة والتشغيل.
