رفض الدكتور هاني الناظر، رئيس المركز القومي للبحوث السابق، وعضو في نقابة علماء مصر، اعتبار مجلس علماء مصر، الذي أسسه الدكتور محمد النشائي، مثلًا للعلماء المصريين. وقال «الناظر»، في مقال له على صفحته الشخصية على موقع التواصل الاجتماعي «فيس بوك»: «بدأت في العمل منذ 1975, كما أنني عضو بنقابة علماء مصر التي تضم في عضويتها 40 ألف عالم من مختلف التخصصات والمراكز البحثية, ولكن ما يعرف ب(مجلس علماء مصر) فهو كيان لا يمثل العلماء المصريين من قريب أو بعيد». وأضاف رئيس المركز القومي للبحوث السابق، «أن ما يعرف ب(مجلس علماء مصر) يمثل شخص مؤسسه الدكتور محمد النشائي، ومن معه من أصدقائه، وهو كيان لا يعبر عن جموع العلماء بالجامعات والمراكز البحثية».